1904年9月25日，出生于北京。其祖父在北京开设金店，后经营亏损倒闭。其父系小职员，靠微薄收入维持全家人的生活。他不幸5岁丧父，8岁丧母。其后，他和一个长兄及一个小弟分养在两位舅父家中。他住在二舅父（普通公务员）家里。裘祖源8岁进私塾，10岁时考入中华圣公会开办的崇德学堂，连续学习了8年。

1922年，18岁时高中毕业。

1923年，他从中华圣公会得到助学金并考入了北京协和医学院预科，1925年转燕京大学医预科。

1926年，毕业，获理学士学位。

1931年，北平协和医学院毕业，获医学博士学位。

1931年至1933年，任北平协和医院内科住院医师。

1933年6月，按中华圣公会发给助学金的规定，被派到山西大同中华圣公会办的首善医院的内科工作了两年。他在这4年的临床工作中，每天接诊很多结核病（俗称痨病）患者，且多为晚期不易治愈的，加上自己的母亲和舅父先后死于痨病，便开始萌发了献身防痨事业的念头。

1933年至1935年，任山西省大同首善医院内科医师。

1935年7月，裘祖源回到协和医学院公共卫生科任助教，并到公共卫生科教学示范区（现北京市东城区东南部）——北平市第一卫生事务所任职。

1935年至1937年，任北平协和医学院公共卫生科助教，兼北平市第一卫生事务所防痨门诊处（后改防痨科）医师。

1937年至1939年，留学美国明尼苏达州立医学院，并到美国东部、英国、法国、瑞士、意大利考察结核防治工作。

1939年底，回国后，袭祖源仍到协和医学院，任公共卫生系襄教授，主要从事结核病的防治工作。

1939年至1949年，任北平协和医学院公共卫生系襄教授，兼任北平市第一卫生事务所防痨科主任、所长。

1944年，与郭德隆等一起发起创办平津防痨协会。

1948年5月1日，成立平津防痨协会北平门诊部，任门诊部主任。

1946年至1948年，任北平结核病防治院院长。

1947年至1949年，任北平协和医学院公共卫生系主任，兼图书馆馆长、协和医院院长。

1948年5月1日，平津防痨协会门诊部在北平北池子成立，袭祖源任门诊部主任，开展群众防痨宣传和防痨门诊工作。

1949年中华人民共和国成立后，裘祖源任协和医学院公共卫生系教授兼教育长。由于人民政府重视防痨工作，他十分振奋，积极献计献策，协助制定有关防治条例和研究规划，协助筹建中央结核病研究所（北京市结核病肿瘤研究所前身）。

1950年至1955年，任北京协和医学院公共卫生系教授兼教育长。

1954年，他服从工作需要，转入该研究所，任第一副所长兼流行病学研究室主任。在他亲自领导、指导下该所进行了不少有价值的工作，获得多项重大科研成果。

1950年至1986年，任中华医学会结核病科学会副主任委员、主任委员、名誉主任委员，中国防痨协会总干事、副会长、顾问。

1950年至1954年，任《防痨通讯》主编。

1951年至1955年，任北京市防痨委员会副主任委员。

1953年至1988年，任《中华结核病科杂志》 （后改《中华结核和呼吸杂志》）总编辑、名誉总编辑。

1955年至1988年，中央结核病研究所（现名北京市结核病肿瘤研究所）第一副所长、顾问，兼流行病学研究室主任。

1980年至1988年，任全国结核病防治研究咨询组副组长。

1988年11月15日，裘祖源在北京逝世，终年84岁。

在霍尔和袁贻瑾（当时为公共卫生科主任）的倡议下，动用了在民间捐募的结核病院筹建基金，在卫生所内创立了防痨门诊处，由霍尔和裘祖源主持，开展防痨工作。这是结核病在中国第一次与公共卫生（预防医学）工作联系起来。裘祖源不定期地到西山福寿岭霍普金斯疗养院（后改名同仁疗养院）和香山疗养院（红十字会办的）以及其后由他创立的北平结核病院住院部巡诊。

裘祖源酷爱读书，勤于写作，除撰写大量讲义、讲稿外，先后公开发表论文44篇，还与范秉哲主编《结核病学》一书，并为《内科理论与实践》一书撰写了呼吸道疾病部分。他还积极参与群众性学术团体工作，先后任中国防痨协会总干事、副理事长、顾问，中华医学会结核病科学会副主任委员、主任委员、名誉主任委员， 《中华结核病科杂志》总编辑、名誉总编辑，北京市防痨委员会副主任委员等职务。

20世纪40年代以前，结核病尚无特效的治疗药物，当时人们得了肺结核就象被宣判了死刑一样。那时，得此病的人很多，防不胜防，治不胜治，且此病常与贫困相伴随，即使是较轻的病人往往因无疗养条件而演变成重症，医生苦无办法。对这一事关社会、经济的重大问题，无不望之兴叹。裘祖源和他的同道知难而上，在北平市第一卫生事务所内创立了防痨门诊处，参考国外的经验，遵循公共卫生的“医疗服务要适应社会实际”和“对传染病要抓流行规律和传染源管理”等公共卫生的原则，结合中国的实际状况，探索、开拓了在中国防治结核耐揪叮涸谑痉肚鸩绞敌忻浚薄衬曜一次集体X线肺部健康检查，以早期发现，早期治疗；改变过去那种“求医给治，不求不管”的状况，把已发现的病人登记管理起来；加强宣传教育，告诉群众结核病是可以预防的，若能早期诊断、早期治疗是可以治愈的；在家治疗者由公卫护士定期访视，指导家庭隔离消毒工作，以防传染他人；要求病人按期来门诊复查，到期不来则去人、去信催促；动员密切接触病人的人作X线肺部健康检查等等。在创立防痨门诊处初期阶段，裘祖源和何观清、朱宗尧、蔡如升等先后用相当多的时间对卫生示范区内部分婴幼儿、小学生、中学生、大学生、孕妇、各行从业人员以及西城的辅仁大学、西北郊的燕京大学的师生员工和河北省定县的部分农村居民进行结核菌素试验和X线肺部健康检查相结合的流行病学调查研究。他们历经两年时间，共检查21000多人，明确了30年代北平和河北省定县一带的结核病疫情：15岁的儿童结核感染率高达80%以上；大学生的患病率在5%以上；疫情最高的是理发业从业人员，患病率在19．2%—27．3%之间；农村居民的感梁率和患病率远低于城镇居民。这一系列数据首次为中国分析、比较结核病疫情变化提供了基线资料。因为这是对人群的健康检查，发现的病人多数是早期的，即使在尚无特效药的年代里，早期肺结核病人休息几个月，甚至有的可以照常工作、学习，只要劳逸结合，注意充足营养，必要时给予人工气胸、人工气腹、膈神经压榨术萎陷治疗，也可以治愈。

裘祖源十分重视结核病人的密切接触者的检查。因为与患者接触密切的人，容易感染、发病，但是若能及时检查，可以早期发现，早期治疗，一般多会治愈。

中华人民共和国成立后，人民政府关心群众疾苦，重视防痨工作，采取有重点、有部署、先城市后农村、先团体后居民的方针。这与裘祖源教授的积极建议和提供的宝贵经验有关。裘祖源领导的中央结核病研究所流行病学研究室的工作，多年来一直乐于采用典型调查和在实验地区有系统地、不断地开展防治工作的方法，成效显著，有多项突出的成果，如：对北京市东城区城市居民、河北省涿县农民、青海少数民族等三项结核病流行病学调查，不作结核菌素试验直接皮上划痕接种卡介苗的研究，红星公社农村地区控制结核病流行的研究等，分别获得北京市科技成果奖。

晚年，他任全国结核病防治咨询组副组长期间，积极参与结核病防治决策的论证，积极参与筹划1979年和1984/1985年两次全国结核病流行病学抽样调查，在这些工作中，都作出了宝贵的贡献。

在中华人民共和国成立以前，裘祖源等人在北平市第一卫生事务所开拓的防痨工作，虽然取得成功，但只是一个示范区，效益有限。他们根据多年的亲身体会，认识到要消灭广泛流行的结核病必须联合社会一切力量共同防治。1944年，由裘祖源和天津郭德隆等发起成立了平津防痨协会。在北平以协会名义接收了北池子风神庙旧址做会址，由裘祖源主持日常工作。当时经费有限，他开始只在报刊上宣传防痨知识。1947年，协会接受了联合国救济总署捐赠的一台200千伏X线机，又向银行工商界捐募了一些钱，把风神庙旧址加以修理改成门诊部。1948年5月1日，平津防痨协会门诊部开业。这是继北平市第一卫生所防痨科后在北京开设的第二个结核病防治专业机构，受到群众的普遍欢迎。

1948年1月，在上海召开各地防痨协会代表大会暨中国防痨协会恢复大会，裘祖源被选为理事。中华人民共和国成立后，为了加强中国防痨协会与中央卫生部的联系，于1951年1月中国防痨协会由上海迁到北京，裘祖源被委以总干事的重任。他协助中央卫生部组织拟定了结核病防治工作条例和全国卡介苗接种方案，为中国防痨工作奠定了良好的基础。他还在北京先后与蔡如升主持举办了三期防痨骨干学习班和防治所长研究班，为全国各地建立、健全防痨机构和推广卡介苗接种做出了重要贡献。鉴于中国早期的防痨工作在各地的发展很不平衡，他亲自跑了许多省市做说服动员工作，促进成立了一些地方的防痨协会和防治机构乃至成立三级防痨网。

裘祖源一贯主张，防痨协会应成为与广大群众密切联系的群众团体，其主要任务是把科学的防痨知识通过各种形式和途径宣传给群众，使之自觉防治结核病，从而收到事半功倍的效益。

裘祖源自1935年任北平市第一卫生事务所防痨门诊处医师以来，对来该所实习的协和医学院及协和护士学校的高年级学生，对所有在他领导下的单位工作和进修的人员，都一视同仁，谆谆善诱，诲人不倦。他要求大家对结核病不仅要善于治疗，更要善于预防，善于早期诊断，善于管理病人。

中华人民共和国成立后，他多次受命主持举办防痨骨干人员学习班，他十分振奋，邀请协和医学院的专家、教授讲授课程，并要求深入浅出、简捷明快，务求讲深讲透，以利于实际应用。其后，由于全国防痨工作的蓬勃发展，对于专业人员的需求成倍增多，裘祖源和许多同事一起，走出学府大门，足迹遍及全国各地，不辞辛苦地参加培训在职医生或各级医务人员。据粗略估算，这样受培训的学员不下1000人，其中许多人已成为国际间的名教授、名专家，国内防痨工作中的骨干。

裘祖源在1952—1956年间，任《防痨通讯》主编，1953—1987年间，任《中华结核病科杂志》 （现《中华结核和呼吸杂志》）总编辑。他一直认为杂志是个大学校，是经常性的继续教育的好教材。因此，他十分重视杂志的质量，从不计较报酬，不计时间，常在夜晚或节假日开审稿会议，经常审改稿件到深夜。受益于杂志的读者无从计数。

1　宋汉英，裘祖源，朱宗尧，蔡如升．北京市大学学生患肺结核病的情形．北京结核病院论文第1集，1943：13—19．

2　蔡如升，裘祖源，常树新，朱宗尧．北京市孕妇患肺结核情形．北京结核病院论文第1集，1943：3336．

3　蔡如升，裘祖源，朱宗尧．北京市理发业及饭馆业之肺结核病情形．北京结核病院论文第1集，1943：37—41．

4　宋汉英，裘祖源，蔡如升．北京市澡堂业之肺结核病情形．北京结核病院论文第1集，1943：43—46．

5　裘祖源．近世预防结核病之主旨．北京结核病院论文第1集，1943：47—53．

6　北京结核病研究所流行病学研究室（裘祖源等集体）．北京市东城区赵堂子地段居民肺结核流行病学调查及管理．中国防痨，1959，（2）：3—6．

7　北京结核病研究所流行病学研究室（裘祖源等集体）．河北省涿县幸福人民公社部分地区结核病流行病学调查．中国防痨，1959（2）：20—23．

8　北京结核病研究所流行病学研究室（裘祖源等集体）．青海省少数民族地区结核病流行病学调查．北京结核病研究所1959年学术报告会论文摘要，1959：7．

9　北京结核病研究所流行病学研究室（裘祖源等集体）．不作结素试验直接划痕接种卡介苗初步报告．中国防痨，1959，（5）：13—14．

10　裘祖源，谢汇江．中学生对结核菌素敏感度的调查分析，中华医学会北京分会结核病科学会论文摘要，1964：5．

11　李树森，裘祖源，肖成志，徐瑞兴．以消灭传染源为主要目的的不住院化疗效果的初步分析．中国防痨杂志，1963，4（2）：76．

12　范秉哲，裘祖源主编．结核病学．北京：人民卫生出版社，1964．

13　裘祖源，王忠仁，肖成志等．并用异烟肼、氨硫脲不住院治疗肺结核疗效观察报告．中国防痨通讯，1980，（1）：10—13．

14　裘祖源．有关结核病流行病学与防治中的几个问题．中华结核和呼吸系疾病杂志，1980，3：35．

15　吴兆儒，裘祖源．红星公社西红门分场连续七年防痨回顾调查．中华结核和呼吸系疾病杂志，1984，7：7—9

为了弘扬裘祖源的卓识远见和50年如一日锲而不舍地献身防痨事业的精神，1984年9月，中国防痨协会和北京市结核病肿瘤研究所联合举办了“祝贺裘祖源教授从事防痨工作50年学术报告纪念会”。会后，出版了纪念集。