20世纪80年代初，徐筱杰教授开始从事蛋白质分子设计及计算机 辅助药物分子设计研究，在分子对接，结合自由能计算，三维构效关系，ADME预测等方面进行了系统的研究，发展及改进了一些计算方法。近年来主要从事中药现代化研究，开发了包括中药方剂，中药植物及中药成分三维结构数据库的中药信息化系统，开展了基于中药信息系统的虚拟筛选，中药成分在化学空间、配体-靶标空间的分布，基于生物网络的多靶向筛选，中药活性成分的筛选、分离、鉴定一体化技术等方面的研究。

教学：主讲研究生化学信息学课程

1．药物设计方法及应用：

着重发展分子对接，结合自由能及溶剂化能的计算，二维及三维构效关系，ADME预测及有关并行计算等相关方法及技术。 中华化学竞赛网

2．中医药信息系统：

构建及完善包括中药方剂，药用植物及中药有效成分的三维结构的医药信息系统及相关应用软件。

3．超分子及介观体系的计算机模拟：

利用分子动力学及介观动力学研究蛋白质、核酸等生物大分子及有机分子的聚集状态，高分子体系的聚集状态，介观形貌及相分离。

4．基于中药资源的新药研制：

已建成包括药物设计，靶酶制备及活性测定，活性追踪中药有效成分的分离纯化，利用分子烙印及药物抗体方法直接从中药体系中提取有效成分的工作平台。目前正开展抗丙肝及抗肿瘤药物方面的研究。

课题：目前承担973及国家自然科学基金重大项目

1. Hou TJ,Guo SL,Xu XJ; Predictions of binding of a diverse set of molecular dynamics and combination of molecular Dynamics and continun solvent models. J. Phys. Chem. B 106（21）: 5527-5535,2002.

2. Hou TJ, Zhang W,Xu XJ; Binding affinities for a series o-f selective inhibitors of gelatinase-A using molecular dynamics With a linear interaction energy approach.J. Phys. Chem. B 105（22）:5304-5315,2001

3. Hou TJ, Xu XJ; A new molecular simulation software package u2013 Peking University Drug Design System（PKUDDS） for Structure based Drug Design. J. Mol. Graph. Mod. 19（5）: 455-465, 2001.

4. Hou TJ, An Y, Ru BG, Bi RC, Xu XJ; Cysteine independent polymerization of metallothioneins in Solution and in Crystal. Protein Science, 9（12）, 2302-2312, 2000.

5. Xie JC, Zhu LL, Xu XJ; Affinitive Separation and On-line identification of antitumor components from Peganum Nigillastrum by coupling a chromatographic column of target analogue imprinted polymer with mass spectrometry. Anal. Chem. 74（10）: 2352-2362, 2002.

6. Qiao XB, Hou TJ, Zhang W, Guo SL, Xu XJ; A 3D Structure Database of Components from Chinese Traditional Medicinal Herbs. J. Chem. Info. Comp. Sci. , 42（3）:481-495,2002.

7. Xie JC, Zhu LL, Xu XJ; Direct Extraction of Specific Pharmacophoric Flavonuids from Gingko leaves using a molecularly imprinted polymer for quercetin. J. Chromatogr. A 934（1-2）: 1-11, 2001.