12月9日出生于奉天金州（今大连市金州区）城内。　7岁时入金州私塾，18岁出私塾到大连福顺义商店任文牍。

1922年，归家养病，就近受教于舅父毕序昭（秀才，任洮南府开通县巡检，荐保知县）。

1923～1925年，专攻金石考古学和古字画鉴定，渐为饱学之士。

1929年春，师从考古学家罗振玉；

1930年，又师从光绪甲辰进士、学部专门司司长 王季烈，时为罗振玉、王季烈最年轻的弟子。

1932年后，孙宝田被推荐为金州私塾汉文、书法塾师。

1935年，《金州志纂修稿》编纂中辍，金州会长曹世科提议他和毕乾一等七人结益友社，以文史资料为内容出《益友》月刊，以为日后编纂《金州志》备用。从此，他潜心研究地方史。

无端倭奴侵边疆，

屠杀吾民惨且狂。

疾首痛心四十载，

万忠古墓荐馨香。

1935年6月，孙宝田随郑有仁赴旅顺避开日本特务耳目，亲访甲午年抬尸者鲍绍武老人，掌握了日军攻占旅顺后，对旅顺百姓沿户大搜杀，并焚尸体18300余具的第一手材料，纠正了第一块“万忠墓”碑文“10800名口”之误。他把调查的日本旅顺大屠杀事实写成史料，编入《旅大文献征存》。

1938～1945年，孙宝田任金州高女汉文讲师及教务主任。1942～1945年，兼任关东州中学历史教科书编辑。期间，日本人硬要把中国的东三省历史说成是日、满、蒙共荣的历史，企图篡改中国历史，受到孙宝田和金纯泰的坚决反对，终使日本人企图未能得逞。日本人为长期占领金州，欲要世居金州的中国人更改日本姓，金州会长曹世科召集金州各层代表商对此事时，孙宝田不怕日本人报复，带头签名反对此事。当时在日本“以华制华”政策的影响下，日本警察以金州农业公学校和金州工业公学校的学生经常“闹事”为由，大量逮捕学生，孙宝田通过各种关系，多次营救被捕的学生，并帮助他们找工作谋生。

孙宝田珍爱收藏。自1935年始，他收藏了大量文房四宝、古代字画、碑拓、铜器、钱币等；1945年解放时，他从日本人手中收购了许多珍稀、罕见、大珍、绝难一见的钱币，其中有国家级文物。1956～1957年，他将这些收藏物品计有400余件，捐献给了旅顺博物馆，其中珍贵的有山西官炉银币，为世之仅见。而捐献之事从来只字不提。

孙宝田潜心著述大连方志五十载，有大连方志撰述第一人之称。1956年，他应市委宣传部推荐，到大连海运学校讲述古典文学达一年余；1961年，完成《旅大文献征存》八卷；1963年5月至1964年10月，在大连文物店鉴定书画文物，曾至庄河收购苏东坡阳羡帖（此为国家级文物，有元人题跋，皆内府故物，现藏旅顺博物馆）50余字；70～80年代，集中整理手稿，完成《古刻经眼录》十卷；1970年完成《旅大文献征存》续编、补遗各一卷；1977年《两间草堂笔记》脱稿；1981年《旅大地方轶事》成书；1982年完成《徐邦道总兵轶事》一卷；1983年完成《山窗杂绿》、《守拙园存稿》各一卷；1984年《辽海鳌翁回忆录》脱稿；1985年完成《雪鸿诗集》；1986年大连市老龄委、大连市老年书法美术协会、大连文物店为他举办个人书法展览；1990年完成《螾庐剩稿》编纂。

孙宝田酷爱书法，书道老成，字迹清秀端庄，雄劲有力。曾连续三年被评为东三省书法展优秀作品，并获银牌奖。1930年曾用小楷书写出版 王季烈的《螾庐未定稿续编》。1940年在上海出版的《燕京纪行》一书，是孙宝田的代表作。除此之外，他还热心于公益事业。1931年陕西省受灾，金州会募捐赈灾，他在金州南金书院礼堂参加集体书画展义卖。解放前，他为大连地区许多中学和公学堂写校牌，经常与中外书法名家进行交流，切磋书艺，曾被 日本书道协会吸收为会员；他数十次参加国内、省、市级书展，多次获奖；曾是中国老年书画研究会会员、大连市钱币学会顾问、大连市老年书画研究会顾问。

1991年2月6日，孙宝田病逝，终年88岁。

孙宝田去世后，《东北人物大辞典》、《中国当代集藏家辞典》、《中国当代艺术名人大辞典》、《中国当代艺术界名人荟萃》、《中国当代艺术界名人录》等均收录了他的传略。1994年，中国艺术研究院授予孙宝田“中国当代艺术家名人”荣誉称号。