1932年在济南育英中学初中毕业后，入读山东建设厅水利专科班1年，再入北京文治高中，1935年高中毕业后回家乡任小学教员。1936年参加革命，10月到西安入东北军学兵队从事共产党地下工作。同年12月12日张学良、杨虎城发动“西安事变”，他参与了行动。

1937年2月，中共在东北军的地下党组织吸收他为中国共产党党员。东北军学兵队解散后，魏轩被调到第51军，在连队任文书等职，仍按党的指示做地下工作。“七七”事变后，随部队参加抗击日本侵略军的“淮河保卫战”、“台儿庄会战”、“徐州保卫战”等战役。战后党组织抽调魏轩于1938年到延安，在抗日军政大学马列主义学院学习。1940年3月起历任中央宣传部干事，中央秘书处秘书，中央管理局经建处总支书记、所长、科长，南泥湾管理处科长，中央直属党委干事等职。抗战胜利后调任山东鲁中行署工委副书记、干部科长。1948年随军南下，在豫西军区干校（后改为“军政大学河南军区干校”）任政治部副主任。

建国后，魏轩于1950年6月任中南军政委员会分党委副书记。1953年5月转业，调任广州水泥厂党委书记、厂长。在任期间使该厂生产蒸蒸日上。1957年8月起任广州市劳动局局长、党组书记。任职期间深入工矿企业，积极开展全市整顿劳动组织和调整劳动力，搞好职工劳动保护和工资福利，大力组织社会劳动力支援基本建设和重点工业建设。

1960年10月起先后任广州市生产委员会副主任兼市劳动局局长、市计划委员会副主任兼市劳动局局长。期间兼任广州市压缩城市人口办公室主任，在全市范围内深入开展精减职工和压缩城市人口工作，支援农业生产和农村建设。1964年被调去搞“四清”运动，先后在广州氮肥厂、广州重型机器厂任驻厂直属四清分团（队）长。1965年调任市委工交政治部副主任。“文革”开始后“靠边站”，1968年11月下放市委“五七”干校。1969年10月调任广州市建设局党委书记、革委会主任（局长）。1973年起历任广州市城建办公室主任、党委副书记，广州市规划委员会办公室党委书记、主任。

1977年9月，广州市人民防空领导小组办公室由军队转交地方，魏轩调任该室任主任、党组书记，1979年兼任广州市第九号工程指挥部办公室主任、党委书记。在任期间，对广州市的人防工程进行调整、整顿，从“临战状态”转到以经济建设为中心、“长期准备、和平建设”的轨道上来。在工作部署上，由过去“全面开花”转到有计划修建平战结合重点防护工事上，由新建为主转到以加固改造、维护管理、完善配套、开发利用为主，全面提高人防工程的战备效益、社会效益和经济效益。他在任期间陆续改造、修建的南方大厦地下商场等单位，被广州军区授予“人防工程平战结合先进单位”。

1981年9月，魏轩被选为广州市第七届人大常委会副主任。1983年10月离休。1999年10月于广州病逝。