1933年，黄晓同出生于江苏镇江。

幼承家学，进达德小学，继而改读于陶行知育才学校和黄炎培比乐中学毕业。

1949至1950年，在北京华北人民文工团担任小提琴演奏员。

1950至1955年，在上海音乐学院随富华教授学习小提琴，张巂传教授学习钢琴，邺尔教授学习作曲。

1955至1960年，前苏联莫斯科柴科夫斯基音乐学院留学，师从一代宗师亚历山大·高克教授学习歌剧、交响乐指挥。

1960至1997年，在上海音乐学院指挥系担任教授，先后培育指挥人才80余人。

黄晓同曾指挥中央乐团、北京交响乐团，1989年出访日本，在日本应警指挥教学中心开发教学交流。

1998年和2001年，两次赴台湾访问，客席指挥台北市立国乐团并指挥讲学。

1999年6月出访澳大利亚，指挥塔斯玛利亚交响乐团演出。

2013年9月，上海交响乐团在东方艺术中心特为黄晓同举办了“耄耋桃李，黄晓同80华诞师生专场”。当时，黄晓同在指挥家余隆的搀扶下走上了指挥台，气定神闲地扬起了指挥棒，“一代宗师”的气场令全场屏息。

2015年8月24日12点54分，黄晓同因病在上海瑞金医院去世，享年82岁。

黄晓同一家兄弟姐妹六人均投身音乐事业，大哥黄晓庄作曲，大姐黄晓芬拉大提琴，二姐黄晓苏攻声乐，黄晓同学习指挥，弟弟黄晓和研修音乐理论，妹妹黄晓芝拉小提琴。

1992、1995、1999、2000和2002年黄晓同数次访问香港音统处，指挥YMCA交响乐团演出并主持指挥大师班培训该处教师。

黄晓同在上海音乐学院指挥系先后培育指挥人才80余人。例如：陈燮阳、汤沐海、余隆、张国勇、林友声、许忠等。

黄晓同的指挥是“艺术”与“学术”两者融合的典范。（已故指挥大师，老一辈指挥家黄贻钧评价）