静冈县出身。医生多门信夫的第二子。高小毕业，陆军幼年学校，1899年11月陆军军官学校11期毕业，翌年6月，步兵少尉任官，步兵第4联队付。历任仙台陆军地方幼年学校学监等，日俄战争时期的步兵第4联队小队长。战后历任步兵第4联队副官，步兵第3旅副官等，1909年12月，陆军大学21期毕业。后任陆士教官，第6师参谋，步兵第62联队大队长，陆大教官，欧洲出差，步兵第27联队付，1920年2月16日，经大正天皇批准，编成以多门二郎大佐指挥的步兵大队为基干的尼港（尼古拉耶夫斯克）派遣队，但因结冰期等原因，暂留在北海道待命。4月中旬，盛传日俄军队发生冲突，多门支队启程到亚历山大罗夫斯克，6月进入尼港。后任滨海州派遣军参谋，步兵第2联队长，第四师团参谋长，1924年2月晋升陆军少将。历任步兵第6旅长，陆大付校长，参谋本部第4部长，陆大干事等，1929年8月，成为陆军中将陆大校长。以后作为 第二师团长驻防满洲，当时的 关东军也就只有第二师团这一万多人的护路兵， 满洲事变爆发后率军驱逐20万东北军，占领东三省。（辽宁的东北军根据 张学良的不抵抗命令根本就是不战而撤，主持吉林军务的 熙洽是他学生，不战而降，黑龙江的 马占山举行了 江桥抗战，但最终被 土肥原贤二劝降），他主要是对付蜂起的义勇军，但成效不大。1933年1月回国，同年8月被编入预备役。 第二年死去。姐夫 松川敏胤陆军大将。

1930年春，日本军部特意将耐寒作战的 第二师团从日本北海道调来中国东北，司令部设在辽阳，师团长就是多门二郎中将。1931年日本发动九一八侵华战争，根据 关东军司令官 本庄繁的决定，关东军参谋部发出命令：驻辽阳的多门 第二师团全力向沈阳集中，攻击该地的中国军队。

多门师团主力第十五旅团抵达沈阳后，立即参加攻占沈阳的战斗。19日上午8时，第十五旅团占领了航空处及兵工厂。其后， 板垣征四郎和多门二郎共同指挥了对东大营的攻击，12时30分许，日军占领了东大营。这天（9月19日），多门二郎还以 第二师团师团长名义发出布告，称：“苟有危害日侨生命财产者，不问何人，定以枪决从事。”并宣布一律禁止“示威运动集会，惑图滋扰之行为”，违者“从重责办”。

侵占沈阳同时， 关东军双管齐下，驻长春 第二师团的长谷旅团下辖的大岛第四联队等日军，对驻长春中国军队发起突然袭击。中国守军奋起抵抗，使日军遭受重创，被打死66人，打伤76人。长春被日本侵占后，9月21日， 关东军司令官又命令 第二师团在长春集结，准备攻占吉林市。

9月21日晨约6时30分，多门二郎率日军乘军用列车从长春向吉林市进犯，但行进迟缓而谨慎，试探性开进。一是因为吉长铁路线不属于日本人的“满铁”管辖范畴；二是日军在长春南岭和宽城子遭到中国守军激烈抗击，伤亡惨重而心有余悸。直到 熙洽派遣特使中将参议安玉珍和张燕卿在途中的土门岭相遇，安玉珍和张燕卿向多门保证吉林市的中国军队不会抵抗。甚至表示以生命担保，沿途也绝对不会遭致袭击。多门等日军首领仍存疑惑，直至下午6时30时左右，这列由火车头推着的军列才驶进了吉林省城吉林市。因为一旦途中遇到中国爱国军队的武力袭击，可由倒挂的火车头牵引，全速逃回长春。

多门二郎及部属第十五旅团长天野六郎陆军少将以下800余名日军官兵，俨然以主子身份走下列车，并合影拍照以示占领了吉林省城吉林市，接着把师团临时司令部设在车站附近的名古屋旅馆。 在与 熙洽正式会谈时，多门以占领者姿态，命令熙洽在3日之内将撤出省城的中国军队全部缴械，并立即撤消东北边防副长官公署和吉林省政府。 熙洽稍有些犹豫，未能马上应允。多门当即站起，带领部下退入别室，只给 熙洽30分钟考虑时间。 可是，日本官兵10余名随后便持枪气势汹汹闯入室内，枪口一齐对准 熙洽。日本驻吉林总领事古石射也进来游说， 熙洽点头应允多门所提要求。多门这才带领部下再次进来，彼此握手，还重叙师生之谊（ 熙洽在日本陆军士官学校学习时，多门曾任中国学生的区队长）。多门从衣兜里掏出清单一张，上有一些原吉林省官吏姓名，多门指示说这些人原则上一律不准采用。并限制在官银号提款的数额，如超过数额须有 熙洽和多门的共同盖章，否则不准支付。

1931年10月30日， 关东军下令以 第二师团一部组成 嫩江支队前往齐齐哈尔，以修桥为名，准备夺取齐齐哈尔。11月3日至5日， 马占山部与日军展开激烈战斗，使日军遭受重创。11月6日， 关东军决定火速增派 第二师团主力和第三十九混成旅团（属日本驻朝鲜军，九一八时，越境支援关东军），增援在 嫩江作战的日军。11日， 关东军又命 第二师团全力向大兴方面集结。到13日， 石原莞尔对 第二师团的出动作出了部署。 17日上午， 关东军以 马占山及黑龙江省军民没有按照日军要求办理，命令多门师团进攻齐齐哈尔，并将第三十九旅团划归多门指挥。18日晨，多门指挥日军发动了进攻，日军先占了三间房，下午又进占了昂昂溪。 本庄繁于18日下午5时30分，给多门发来了电报：“祝贺贵师团的光辉胜利”。19日晚，多门率 第二师团开进了齐齐哈尔，据《满铁档案》载，日军死亡：大兴44人；齐齐哈尔附近59人。

1932年1月30日晚8时左右，日军 第二师团第三步兵旅团（长谷旅团）军列在双城被 赵毅为旅长的东北军第二十二旅突袭，将日军打得落花流水。但因赵旅未能及时撤出，遭到日军增援部队反扑，双城失陷。

31日深夜，多门不等运送长谷旅的军列返回，即下令用到达长春的 关东军野战汽车队，运送第二十九联队等部，于2月1日下午7时30分开赴哈尔滨。 2月2日上午9时， 第二师团主力乘火车北犯。4日，日军以多门二郎为总指挥，分两路向哈尔滨发起进攻。5日下午4时，日军进入哈尔滨市，多门立即发布戒严令，并宣布 张景惠为伪哈尔滨特区行政长官兼伪黑龙江省省长。

2月7日，多门派兵向依兰方面追击抗日武装。22日， 第二师团又奉 关东军之命，出兵防止北来进攻的抗日武装吉林义勇军，因中东路（属苏联管辖）不予合作，多门为避免与苏联酿成冲突，下令日军徒步向一面坡行进。不久，因担心解冰期将至，一旦交通断绝、易遭败绩，而返回了哈尔滨。

早在1931年11月初， 关东军参谋部会议上就曾确定对 马占山采取怀柔手段，企图利用他来稳定黑龙江省的局面，当时遭到了马占山的严词拒绝。日军占领省城齐齐哈尔后，又对 马占山进行诱降。

1931年11月30日，多门二郎致函 马占山，提出如下条件：⒈马占山对于克山、泰安镇的中国军队如能劝说使之投降时，可通知新井顾问；⒉马占山如确定回省，日期亦可通知新井顾问，林少佐亲往迎接至泰安镇亦可；⒊马占山生命由林少佐担保，绝无意外情事；⒋马占山准带卫队80名入城。

江桥抗战失败后，形势日益恶化。1932年2月5日，哈尔滨又失陷，加上汉奸韩云阶等人的诱惑， 马占山在2月7日赴哈尔滨，在“满铁公社”面见了多门二郎，在座的还有 土肥原贤二。当时随 马占山参会谈的杜海山的回忆文章记述，情形如下：

多门：“ 马占山先生此来，事前没有通知，请将来此的意见告知。”

马占山：“因板垣先生上次去 海伦，表示希望和平，并允许江省自治，日本无政治领土野心。我来此即商谈江省自治问题，想一切纷争都可和平解决，故只身前来，以示诚意。希望日方重视诺言，开诚相见。”

多门：“你既只身前来，真是英雄，我皇军决不小器，扣留或加害你。”

马占山：“我只身前来，早把生死置之度外，愿听贵军对江省自治的办法。”

多门：“江省可以自治，唯须设日本顾问数人。”

马占山：“江省既然自治，不设顾问，才是名副其实。”

多门：“马先生既来此，各事都好办，江省有马先生，一切当然不能与奉天、吉林一样办法，我想本庄司令官亦无异议。”接着，多门即嘱土肥原以电话请示 本庄繁的意见，少时，土肥原即返回，告知本庄繁的指示。

多门：“本庄司令官已来电话，只要不打战，诸事都好办。”

多门二郎和土肥原脸上都现出喜悦之色，并约 马占山赴宴。 马占山欲推辞，并表示：如有怀疑，我愿留在此处。多门和土肥原一齐说：“不要紧，吃过饭再回去，日军决不怀疑，亦决不作卑鄙无耻的事。”宴请 马占山的午餐中，多门和土肥原表现出极为客气。此后，多门继续在 关东军诱降 马占山的过程中，起到了重要作用。2月16日， 马占山乘日军飞机赴沈阳参加所谓的“四巨头会议”，24日马占山就任伪黑龙江省省长之职。

1932年4月15日， 本庄繁又令 第二师团警戒“满铁”沿线。12月27日，多门二郎向伪执政溥仪告别，30日由沈阳回国。