穆罕默德登位时将十六个弟弟处以绞刑，所以他在奥斯曼帝国的历史上当代仍然恶名昭彰。他是一个懒散的苏丹，把政府交给母亲皇太后Safiye Sultan管理。他任内最重大的事件是在1596年至1605年在匈牙利发生的奥地利—奥斯曼帝国战争。

穆罕默德的军队在1596年占领了匈牙利境内的埃格尔，并在Mezokeresztes战役（克雷斯茨战役）中打败哈布斯堡王朝和川西凡尼亚的军队，但穆罕默德本人在战役中途却曾打算逃离战场，不过被劝阻。

在穆罕默德三世的统治时期，虽然奥斯曼帝国看来正在衰落中，却未有重大挫折。