曾任中国工商银行福建省分行技术保障处处长兼软件开发与运行中心主任、总行技术保障部副总经理、信息科技部总经理，中国工商银行数据中心总经理；

1989年，加入中国工商银行；

2001年7月，任中国工商银行股份有限公司信息科技部总经理；

2009年7月，任中国工商银行股份有限公司信息科技业务总监兼信息科技部总经理；

2010年12月，任中国工商银行股份有限公司首席信息官兼信息科技部总经理；

2015年6月，任中国农业银行党委委员、副行长；

2016年12月，辞去公职；

2017年1月，进入中国民生银行工作，曾任民生银行首席信息官。

2016年3月25日，由中国人民银行牵头会同银监会、证监会、保监会等有关部门组建的中国互联网金融协会在上海正式挂牌，四百多家会员单位参加了协会第一次会员代表大会，林晓轩当选为副会长。

2017年8月22日，中国银监会纪检组消息：中国民生银行首席信息官林晓轩涉嫌严重违纪，接受组织审查。

2017年11月，驻中国银监会纪检组对中国民生银行原首席信息官林晓轩严重违纪问题进行了立案审查。

经查，林晓轩违反政治纪律，与他人串供，订立攻守同盟，转移藏匿涉案财物，对抗组织调查；违反中央八项规定精神，接受公款宴请；违反组织纪律，不如实报告个人有关事项；违反廉洁纪律，收受他人礼品。利用职务上的便利为他人谋取利益并收受巨额财物，涉嫌受贿犯罪。

林晓轩理想信念丧失，严重违反党的纪律，在党的十八大后仍不收敛、不收手，涉嫌受贿犯罪，性质恶劣，情节严重。依据《中国共产党纪律处分条例》等有关规定，给予林晓轩开除党籍处分；同时将林晓轩涉嫌犯罪问题、线索及所涉财物移交司法机关依法处理。

2018年2月，林晓轩涉嫌受贿罪、巨额财产来源不明罪一案，由内蒙古自治区人民检察院侦查终结，移送公诉部门审查起诉。