1956年9月，出生于吉林省长春市，籍贯浙江宁波。

1987年，毕业于中国科学技术大学研究生院。

2011年，当选为中国科学院院士。

2019年9月16日，中国科学院院士郑建华在2019网络安全技术高峰论坛上表示，新形势下的安全问题日益凸显，密码研究要紧紧围绕国家网络安全需求，面向实际应用。郑建华强调，我国密码研究和应用在结合上还需要进一步加强，充分发挥密码在网络安全防御中的作用。

2020年8月31日，郑建华院士受聘中国海洋大学特聘教授。

郑建华长期从事复杂信息系统分析和相关基础理论研究，对该领域的序列论、函数论、算法设计与分析等进行了系统研究，在复杂信息系统输出分析技术、系统模型解析理论和方法、系统参数还原技术研究中均取得创新性研究成果，这些研究成果在实际复杂系统分析中多次发挥显著作用。

曾获国家科技进步一等奖等。

2011年，当选为中国科学院院士。