1349年尊氏罢免其弟直义，将嫡子义诠从镰仓调回取代直义掌管政务。基氏遂被派往镰仓，为第一代镰仓公方。

1352年讨灭南朝将领新田义兴。后任命执事畠山国清，兼越后守护，巩固了室町幕府在关东的统治。

后来基氏任命被其父亲派遣到关东的直义手下的上杉宪显为关东执事，即后来的关东管领。从此关东管领成为世袭200多年的要职。

1361年为讨伐被罢免的畠山国清而任命上杉宪显为越后和上野守护而稳固了镰仓公方的统治，确立其在关东地区的统治。

1367年基氏病死。

足利将军家的内讧发展为“观应扰乱”后，父亲尊氏为了让在镰仓的嫡子、基氏的哥哥义诠担当下一代将军，将其召回京都。正平4年/贞和5年（1349年）作为嫡次子的基氏出任镰仓公方。上杉宪显是辅佐年幼的基氏的执事（后来的关东管领）之一。

《镰仓九代后记》说，基氏在长达约六年的时间中，离开镰仓沿着入间川和南朝方战斗，有“入间川殿”之称。他的宅邸被称为“入间川御阵”。父亲死后，和家臣一起灭了南朝方的新田义兴。正平16年/康安元年（1361年），在执事的辅佐下，基氏应允了与畠山国清对立的家臣团罢免国清的要求，并讨伐想抵抗的国清。正平17年/贞治元年（1362年）任命高师有为执事。高师有于次年去世，又任命越后的上杉宪显为关东管领。

正平22年/贞治6年（1367年）去世，时年28岁。死因据官方记载为麻疹。《难太平记》暗示了自杀的可能性，但只是传闻真相未知。同年12月7日哥哥义诠也去世了。

其子孙先后有被称为古河公方、小弓公方的公方大名。但在战国乱世中都不可避免的发生了内乱，有的互相残杀，有的则与先祖的同盟国发生了冲突。丰臣秀吉统一日本后，让末代古河公方足利义氏之女和小弓公方足利义明之孙成婚，并赐给他们旧地三千五百石的秩禄。其子孙则改称为喜连川氏，明治时代改回足利氏，列为华族。

正平4年/贞和5年（1349年）9月9日，就任镰仓公方。

正平7年/文和元年（1352年）2月25日，元服，取名基氏。8月29日、叙从五位下，任官左马头。

正平14年/延文4年（1359年）1月26日，转任左兵卫督。同日升叙从四位下。

正平19年/贞治3年（1364年）4月14日 ，升叙从三位下。左兵卫督如元。