明朝灭亡后，王鳌永没来得及逃回家乡，滞留在了北京。李自成进入北京后，积极推行“追脏助饷”政策。当时大顺政权制订的追脏标准是部、院、锦衣卫追缴7万、5万、3万两白银不等，但实际执行中大大高于此数。据说在拷脏期间被打死的官员超过千人。王鳌永同其他留京官员一样，也受过李自成人马的拷掠，纳款获释。估计王鳌永很快就凑足了银两，这在《明季北略》中可以得到印证。因为此书记载，与其他官员相比，王鳌永并没有受太多的酷刑。但无论如何，通过这件事，激起了王鳌永对大顺政权的莫大仇恨，他为此采取了拒不合作态度，没有投靠大顺政权，而是“囚禁不屈”。

五月初二，王鳌永与吏部侍郎沈惟炳、锦衣卫指挥骆养性倡导并率领故明大臣在午门设崇祯灵位，行哭临礼。同时准备好了皇帝的卤簿法驾，到朝阳门外迎接太子朱慈烺即位，但没想到迎来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊，偷偷溜走，王鳌永等少数官僚则将错就错，把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿。初五，多尔衮令各官俱照旧职录用，王鳌永仍任户部侍郎兼工部侍郎。在为崇祯皇帝上谥号时，王鳌永对淄博籍的庶吉士高珩等官员说：“今日行所当行耳！”这表明王鳌永对崇祯皇帝怀有强烈的忠君思想，也表明王鳌永开始死心塌地地投靠清朝统治集团。

王鳌永被清廷原职录用后，首先响应多尔衮征召地方归顺者的命令，积极为清廷推荐那些业已退隐的才德优异之士，以供清廷征召任用，同时极力鼓动山东省的官绅归顺新朝。八月初七日，他提交了一份有39位山东名流的初步名单，其中就包括李化熙。不久，王鳌永还向多尔衮建议“宽免”山东省的赋税，以此作为对整个山东地主集团的奖励。此建议被采纳。

六月初四日，多尔衮令王鳌永以户部侍郎兼工部侍郎衔招抚山东、河南。王鳌永到达德州，会同都统觉罗、巴哈纳、石廷柱等清朝官员赶走了李自成在山东的残余势力，随后赶赴济南，派遣官员分路招抚。清军主力移师征讨败退陕西的李自成部队后，王鳌永同山东巡抚方大猷、登莱巡抚陈锦安抚各府县官绅，借助官绅的地方武装进剿农民义军。七月十九日，王鳌永上疏，向清廷汇报招抚山东情况：“济南、东昌、青州、临清等州郡以次抚定，并赉送故明德王朱由棷降表。”（《大清帝国的建立过程》）从中可以看出，王鳌永对招抚持乐观态度，招抚工作进展较为顺利。

但也就在此时发生了青州事变。原属大顺政权的一支军队同主力失去了联络，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的明朝官员杨王休率领下来到青州。九月二十九日晨以入城拜会为名，乘机夺门而入。当时王鳌永正在城内，赵应元派步兵上城头摆垛，自己带着骑兵直入王鳌永的部堂辕门。王鳌永以为赵应元率部前来归降，并未做准备。当王鳌永看到兵将持刀露刃蜂拥而进时，仓皇躲避到上房。后来听见人声鼎沸，“城内震地”，又翻过院墙藏到姓房的乡绅家中。赵应元下令搜捕，“扬言拿获部堂者赏金五十两，拿获部堂下官一员者赏银十两”。王鳌永被军士搜获，赵应元下令把他处斩。（《南明史·第二章·第五节》）也有人考证过，王鳌永被赵应元他们肢解了。清廷得报青州事变后，派梅勒章京和讬、李率泰领兵于十月初八日赶到青州，用计诛杀了赵应元、杨王休，招降了余党，青州的反清行动遂告失败。青州事变是明清易代之际山东影响最大的一次反清行动。

       王鳌永死后，清廷追赠王鳌永为户部尚书，赐祭葬。其子王樛（字子下）恩荫銮仪卫指挥佥事之职，并让其加入满族旗籍。王鳌永招抚山东官民归顺清廷，部分平熄了山东的战乱，避免了前明官兵及农民义军尤其是老百姓的巨大伤亡，实现了国家的安定，这有利于发展国计民生。从这一点上看，应该肯定其正面意义。至于其代表封建统治者利益，一生与农民起义军对立，则自当别论。