弗雷德里克二世为丹麦和挪威国王 克里斯蒂安三世之子，母亲是萨克森-劳恩堡公爵马格努斯一世的女儿多罗西亚·冯·萨克森-劳恩堡。与他那谨慎的父亲不同，弗雷德里克二世倾向于军事冒险。他在年轻时代就与德意志那些争战不休的王公们过从甚密。即位后，弗雷德里克二世试图推行加强王权的改革，遭到强大的丹麦贵族（以国会为代表）的强烈抵制。

弗雷德里克二世在位第一年就发动对外战争，进攻位于迪特马申的一个独立的农民共和国。结果他成功地将此地征服，取得第一个军事胜利。不久他又卷入了立窝尼亚战争。鉴于立窝尼亚骑士团已完全无力抵抗俄国沙皇伊凡四世的猛烈攻势，弗雷德里克二世于1560年出兵兼并骑士团领地萨列马岛，企图建立缓冲并参与瓜分行将灭亡的骑士团的领土立窝尼亚地区。

弗雷德里克二世统治时期最重要的事件是1563年至1570年与瑞典的战争（所谓北方七年战争）。瑞典国王埃里克十四世企图通过战争取得在北欧的霸权，并因此与西班牙结盟；弗雷德里克二世则想要夺回丹麦在波罗的海地区的传统优势。战争初期丹麦占据上风，从海上封锁瑞典，并于1563年攻克瑞典的艾尔夫斯堡要塞。但是瑞典海军在1565年打破了丹麦的封锁，侵入霍兰和斯堪尼亚。战争演变成开支巨大的消耗战，弗雷德里克二世与贵族的关系急剧恶化。

幸运的是，瑞典内部的矛盾阻止了它继续打击丹麦。1568年，埃里克十四世在内战中被其异母弟约翰三世推翻。强有力的丹麦政治家佩德尔·奥克斯稳定了丹麦国内的局势，取代弗雷德里克二世掌握了国家权力。经过两年的艰苦谈判，战争以一个实际维持战前状态的和约结束。根据1570年12月13日签订的什切青条约，瑞典赎回艾尔夫斯堡，它的扩张暂时受到遏制。

通过这场战争，弗雷德里克二世认识到了丹麦军事能力的有限。他转而开始关注海上力量。弗雷德里克二世同情宗教改革运动，但也只是在口头上给以支持而已。弗雷德里克二世曾向英格兰女王伊丽莎白一世求婚，但在实际处理国际事务时，他明智地保持中立。有经验的国务活动家们，如佩德尔·奥克斯，尼尔斯·卡斯和克里斯托弗·瓦尔肯多夫实际上管理着国内事务。

在性格上，弗雷德里克二世是一个鲁莽、自负、好大喜功的人。他热衷于打猎，喜欢喝酒；许多人相信他最终是死于酗酒。弗雷德里克二世在国内建设上取得一些成果：在1574年~1585年间重建了赫尔辛格的克龙堡城堡；挪威城市 腓特烈斯塔也是他在1576年所建立，并以其名字命名。弗雷德里克二世也是伟大的丹麦天文学家第谷·布拉赫的资助人。

弗雷德里克二世于1588年去世，遗体安葬在罗斯基勒大教堂。