淞沪会战时，王晏清正在陆军大学第十五期学习。罗卓英要王中断学业，暂回部队参战。接到电报后，王晏清赶赴上海前线，任第十六集团军总司令参谋，参加了罗店战役。日军从金山卫登陆后，国民党部队全面撤退，王晏清随部退守，南京参加南京保卫战。南京失守后，王晏清回校继续学习。

1938年任第18军参谋处长。

1939年任第18军18师52团团长。

1941年任第18军11师参谋长。

1942年调任中国远征军第1路司令长官部参谋处长；

1943年任军令部科长，不久调任军事委员会桂林干训团教育处长；

1944年11月任青年军编练总监部少将参谋长；

1945年任青年军第208师副师长；

1948年任第87军副军长，同年8月任第45军97师少将师长；

1949年3月24日在南京率部起义。后任解放军南京军事学院情报处副主任，江苏省人民政府参事室副主任，江苏省黄埔军校同学会理事，南京市政协副主席，全国政协委员。

1955年被授予解放军大校军衔。

1992年12月12日在南京病逝。

1939年夏，彭善任第十八军军长，从陆大毕业的王晏清任军参谋处长，随彭善入川整训。1940年6月10日，第十八军进驻宜昌。11日拂晓，日军从东山寺南侧、东山寺以北、镇镜山以东三个方向猛烈进攻，到中午前后，第五十二团正面被日军突破，敌人乘势直扑飞机场，致使防守城区和效区的部队被分割，第一线部队腹背受敌，造成混乱，第五十四团逃往南岸，这样宜昌就落入日军手中。第十八师撤回四川整补，第五十三团团长唐启琨以作战不力免职，以王晏清调任。1941年，第十一师参谋长王元直调任远征军总部任参谋处长，王晏清接任师参谋长。1942年，王晏清随罗卓英去远征军，任长官部参谋处长。1943年，王晏清任军令部科长。不久，王晏清任军事委员会桂林干部训练团教育处长。1944年11月，王晏清调任青年军编练总监部少将参谋长。

1945年，王晏清调任中央训练团教育处长。后调任陆军编练司令部西南分监部参谋长、青年军第二0八师副师长，驻防北平近郊。1948年，第二0八师改编为第八十七军，王晏清升为副军长。

同年8月，“首都警卫师”师长赵霞升任第四十五军军长，警卫师师长一职空缺。国民党许多高级将领对此垂涎三尺，不少人不惜花费大把大把的金条来打通关节，以图换取此位。但国防部接连开出的几份候选人名单，都未能得到蒋介石的认可。蒋经国向其父极力推荐王晏清。不久，蒋任命王晏清为警卫师——第九十七师师长。同年9月22日，王晏清晋升陆军少将。中共南京地下党派陆平促王起义。陆平向他阐明了时局的发展和中共的政策，鼓励他弃暗投明，王晏清决定起义。

1949年1月，王晏清在全师干部会上说“现在虽有长江天险，也无必胜把握”，给全师官兵以震动，南京卫戍区总司令张耀明知情后，即将王晏清扣押。汤恩伯要把王晏清送老虎桥监狱关押，南京卫戍副总司令覃异之知情后，将王晏清放了回去。3月23日，王晏清脱险回到江宁镇后，立即决定以执行军事任务为借口把部队拉到江北，再公开宣布起义。会后，王晏清发布了全师当晚“过江游击”的命令。第二八九团团长杨正洲和第二九0团团长黄子安接到命令后，率两团官兵渡过长江，到达江北岸。第二九一团团长王义鸾上任时间不长，一听要晚上到江北执行军务，不知所措，向师部请示，电话打不通，只好把电话打到了军部。直到这时，第四十五军军部才知道王晏清果真要“反”，张耀明派飞机散发传单，谓王晏清投共，官兵返回原防的均有重赏，割回王人头的特赏银元5万，等等。第二九0团团长黄子安看到传单后率部南返，第二八九团跟着返回，王晏清带着师部警卫排等100多人投奔到了解放区。24日，王晏清到达滁县，参加中国人民解放军，受到第八兵团司令员陈士榘、政委江渭清的接见。4月22日，王晏清随解放大军南渡长江，解放南京。

中华人民共和国成立后，王晏清历任华东军政大学战术研究室主任。同年12月，王晏清任解放军南京军事学院情报处副主任。1954年，王晏清任该院军事史料研究处副处长。1958年，王晏清被授予大校军衔和二级解放勋章。当选为南京市政协第一至六届常委、南京市政协副主席，第六届全国政协委员。1988年，王晏清任江苏省人民政府参事室副主任、江苏省黄埔军校同学会理事。1992年12月12日，王晏清在南京病逝，终年82岁。