魏因加特纳于1863年生于南斯拉夫达尔马提亚地区的扎拉。五岁丧父，母亲带他到奥地利东南部的小城格拉茨，先从乌·阿·雷尔学习音乐。十六岁时出版几首钢琴小品，得到勃拉姆斯的推荐，于1881—1883年在莱比锡音乐学院获得助学金，并同时在莱比锡大学学哲学，毕业时获莫扎特奖，1883年被介绍到魏玛音乐学院李斯特门下学习。经李斯特推荐，他的歌剧《沙恭达拉》得以在1884年三月魏玛上演。此后开始他的指挥事业。1884-1885年在柯尼斯堡任乐长，1885-1887年在但泽。

魏因加特纳于1887—1889年在汉堡歌剧院任指挥，在汉堡时曾是同门师兄彪罗（Hans Von Bülow 汉斯·冯·彪罗 1830-1894，德国指挥家）的助手，但他们的合作一直是神离貌合，嘴仗不休，以至后来魏因加特纳在所著《论指挥》一书中对彪罗进行大肆攻击。

1889—1891年在曼海姆，于1891-1907年指挥柏林皇家音乐会，1897—1898年在柏林歌剧院任常任指挥，1898-1905年指挥慕尼黑凯姆乐团，同时担任皇家管玹乐团交响音乐会指挥。1904年他以音乐会指挥家的身份在纽约首演音乐会，1912年首次在美国波士顿演出歌剧《特里斯坦与伊索尔德》，

1908—1910年,他接替马勒的成为维也纳宫庭歌剧院常任指挥。他接替马勒主持歌剧院期间，虽然曾成功地指挥了马勒的一些作品，但他为了有别于马勒的制作，在作品和舞美上进行的大幅改动，引起了剧院极大的反感和坚决的抵制。尤其是他执意起用新人，把马勒的原班人马包括像马米尔登堡、库尔茨、斯莱扎克等人一律“抄鱿鱼”的举措，引起剧院与之发生了严重的冲突，这就是我们今天所谓的“反马勒时代”。

1912—1913、1912—1914年分别在波士顿与汉堡歌剧院任常任指挥，1919～1927年任维也纳爱乐乐团音乐指导与指挥，后因厌恶纳粹的独裁统治而移居瑞士。

1927-1933年指挥巴塞尔乐团，并1927—1935年他应聘出任巴塞尔音乐学院院长。还于1934年在萨尔茨堡音乐节首演中任指挥。1935-1936年任维也纳歌剧院院长。1939年获英国皇家爱乐协会金质奖章，并同年在科文特花园剧院任特邀指挥，演出《帕西法尔》。

纳粹统治德国后，他隐居在他妻子的家乡瑞士。魏因加特纳1942年五月七日死于瑞士温特吐尔。

魏因加特纳被认为是20世纪前半叶欧洲杰出的指挥家之一。尽管魏因加特纳脾气暴虐、我行我素。但他对指挥艺术的形成和发展不仅功不可没，还深深影响了下一代人。魏因加特纳作为指挥风格上的又一个瓦格纳的 “信徒”，魏因加特纳十分强调在准确把握作品的基础上，要注意突出每一首作品的特征、哪怕是最微小的细节。他是最早采用两手分工指挥的先驱之一，右手击拍，着重掌握速度变化和节奏轻重；左手着重提示表情的掌握。他十分注重指挥动作的优雅，我们在一些LD和DVD中尚可欣赏到他的指挥风采，他指挥时身体的动作犹如仪仗兵，虽表情呆板而神态高尚、虽动作严谨但清晰舒展，他的指挥风格严谨洗练，层次清晰，既客观又直截了当，理性和感性相当平衡。早中期演绎的作品很具古典美，而晚期的演绎则很富理性。

作为李斯特的钢琴弟子，他最重大的成就是从1908年开始在维也纳国家歌剧院 (the State Opera) 指挥马勒作品的成功。1908年至1927年他同时也是维也纳爱乐乐团的首席指挥。在1913年至1940年间，他几乎是专属于英国哥伦比亚唱片公司，为他们录制了大量的作品，其中包括最早的贝多芬交响乐全集。

像马勒一样，魏因加特纳既是指挥家，又是作曲家。但又与马勒不一样，他的作品不属于未来。他作有几部歌剧、7首交响曲、一些交响诗、小提琴和大提琴的协奏曲、合唱作品和5首弦乐四重奏等，不过在当时乐队演出兴趣就不大，现在更是无人问津了。

可是，他的著有的自传和其他一些书籍，包括《论指挥》以及对贝多芬9部交响曲如何演绎的诠释专著《论贝多芬交响曲的演出》却流传至今。

客观原谱派的魏因加特纳在音乐处理上与主观灵感派的尼基什有很大区别。魏因加特纳力图更客观的呈现作曲家的意图，尽可能的忠实于原谱，从这点来看他可以说是一种更现代的处理方式的缔造者。尼基什的指挥艺术被称为是催眠术，尼基什指挥的贝多芬第五交响曲的录音是历史上的首次贝多芬交响曲的录音。而魏因加特纳指挥维也纳爱乐乐团录制的贝多芬交响全集的录音是历史上首次贝交全集的录音。魏因加特纳还著有《论贝多芬交响曲的演出》，对于发掘作品的内涵，他的研究有很多独到的地方。魏因加特纳被公认为是阐释浪漫派音乐的权威，作品条理清楚、轮廓分明而蜚声国际乐坛，是贝多芬和布拉姆斯的经典诠释者之一。魏因加特纳和布拉姆斯私交甚笃，他的布拉姆斯交响曲演奏被称为是最接近作曲家本意的演绎。在对勃拉姆斯作品的演绎上，他经历了从青年时代的朦胧含混，到晚年的倍受赞赏。由于他对作曲家的深刻理解而使得他的指挥颇具权威性。