陈第著有《毛诗古音考》、《读诗拙言》、《屈宋古音义》等。他反对宋人叶韵说，认为《诗经》、《楚辞》反映的是古音，不能以唐宋今音为标准随音改读来求韵脚的谐合。他明确提出“时有古今，地有南北，字有更革，音有转移”的观点。他考证古音，以《诗经》、《楚辞》韵例作为本证，以周秦汉魏韵文、谐声、读若、直音、异文、又读等材料作为旁证，二者交相考辨，证实古音本读。条分缕析，主次分明。他还对《诗经》韵例做了分析，指出《说文》谐声与《诗经》韵的统一关系。陈氏彻底扫清了叶音说的谬误，对清代古音学家有巨大影响。

万历二十五年陈第挟书浏览祖国名山大川，著《两粤游草》，世有南方徐霞客之称。万历三十年他随沈有容赴台剿倭，深入考察台湾高山族风土人情，写下《东番记》，为我国研究台湾首篇珍贵历史文献。万历三十九年再次出游，著《五岳游草》。陈第是我国杰出军事家、旅游家、音韵学家，又是连江县著名的藏书家。他遇书就买，藏书近二干部，万余卷，有三百多种为稀世珍本。他著述甚丰，除《一斋诗集》、《两粤游草》、《五岳游草》外，《毛诗古音考》、《屈宋古音义》、《伏羲图赞》、《尚书疏衍》等均收入《四库全书总目》。明万历四十八年卒，终年七十七岁。

陈第去世后埋葬于连江官岭戈沃山中。其墓为三合土构筑，单人葬，深六米，宽三米。碑志嵌有“明一斋先生之墓”等字样。墓正前方约三华里处，还有一墓道碑，中书“明一斋陈先生墓道”，右书“岭东友人黄琮题，渐东门人徐亮立。”现今已列为省级文物保护单位。连江城西，原有“世善堂”为陈藏书处，“倦游庐”，为陈晚年著书处，惜皆已圯毁。1991年适陈第诞辰450周年，两岸学者近150人莅临连江召开陈第学术研讨会，对陈第的学术成就进行深入探讨。连江人民为了纪念这位历史伟人，在县城中心建陈第公园，高7．6米，手握书卷，腰佩利剑的陈第石雕家威武地屹立公园中央，彩灯喷泉、绿树鲜花，表达了连江人民对他的无限敬仰。