1921年矶永吉与当时的台北厅农务主任平泽龟一郎、以及技师铃田岩等人在今天阳明山的竹子湖一带找到一块地(今阳明山湖田里)，试图把属于日本梗稻品种之一的“中村稻”引进台湾。鉴于竹子湖一带海拔有650多公尺，气候潮湿且温度较凉，比较类似日本九州的风土，更重要的是拥有充沛的地下水源，这是种植水稻所不可多得的好环境，因此便把原种田选在竹子湖一带。然而，在地的农民对于梗稻的试种栽培，起初并不愿配合，在警察的强力宣导下，农民才勉强接受。

把台湾的在来米与日本的米种经过重复交配之后，1925年终于成功改良了台湾在来的米粮品种，暂称为“台中65号”，并在翌年的改良米竞赛中获得优胜。为了与日本的本土米种有所区隔，矶永吉乃以“新台稻”、“新高稻”、以及“蓬莱稻”等名称提供总督作为命名上的参考。当时的总督伊泽多喜男以台湾是“蓬莱仙岛”为由，而称梗稻的台湾新作种为“蓬莱稻”，也就是台湾社会耳熟能响的“蓬莱米”。蓬莱米除了口感上受到消费者青睐之外，在产量上比在来米多出20%，价格也比在来米高出5～10%，而逐渐受到农民的欢迎，蓬莱米的耕种面积乃日渐扩大开来。虽然台湾的蓬莱米在日本打响了名号，抢占本土市场，但也间接促使日本农村失业问题雪上加霜。

1928年矶永吉以在外研究员的身分赴欧美留学，并获取农学博士学位。1930年以中央研究所种艺科长与台北帝国大学理农学部教授等双重身分，继续专注于热带农业栽培的研究与教学。即使在战后，矶永吉也是少数能继续滞留在台湾而未被遣返的日本人，台湾的国民党政府聘请他为台湾省政府农林厅的技术顾问，直到1956年退休为止。台湾政府为感谢他对台湾农业无可替代的贡献，由台湾省议会动议每年寄送蓬莱米一千两百公斤到日本芝浦，直到过世为止。

矶永吉一生致力于台湾的农业研究，除了有研究著作73篇之外，其他还有课堂讲义、个人手稿、研究资料等3,000馀。

台湾的书籍《影响台湾50人》（圆神出版社，2002年），“给台湾带来了影响的50人”和明治天皇，后藤新平，八田与一等一起被选中