三位教皇同时在位、互相攻击的时候以 本尼狄克九世最坏、最无耻，他竟然将教 皇职位出售。为了结束这种混乱局面并维护健全的教皇制，克吕尼运动的改革家们决定向神圣罗马帝国皇帝德国的 亨利三世求援。

亨利三世是一位虔诚的信徒，非常赞赏克吕尼运动。于是在他的领导下，开了一次宗教会议，把西维斯特三世革职，同时 格列高利六世辞职，并将他放逐到德国。他又召开另一次会议，将本尼狄克九世革职。教皇座位本来就不能容三人同坐。自此，三位竞争者相继被摔下了宝座。

为了避免再卷入罗马的腐败，亨利三世另选一位德国主教就任教皇职，就是教皇克雷芒二世。然而这个教皇与继任的教皇 达马苏斯二世都很短命，在位不久就去世。亨利便指派自己的表兄弟、土尔主教为教皇，是为利奥九世。也是教皇史上第4位，也是和他的两个前任一样的德国人。利奥九世在位五年(公元1049一1054年)，是克吕尼运动的强力支持者，正因为他有改革的热诚，才被皇帝指派为教皇。

他一登位就非常忙碌，首先是改组 枢机主教会议(College of Cardinals)。原来在罗马早已存在所谓红衣主教，这些红衣主教是教皇个人的助理及顾问。从形态上看，红衣主教会议和教皇的关系正如内阁和总统之间的关系一样。

利奥九世即位之初，就发现这个红衣主教会议全部成员都是罗马人，他们来自罗马的贵族，长期控制教皇，腐化了教皇制，而且不理会克吕尼革新运动。教皇利奥九世重新任命接受 克吕尼运动的人为 红衣主教，并从不同地区挑选新的红衣主教。这样，围绕着他的一群顾问，不但是他可以信任的人，而且是来自欧洲不同地区的人。这样新教皇不遗余力地推动革新，他走遍德国、法国，在各地召开宗教会议，也在各地加强教皇的权势。他所做的一切事，深得克吕尼修道院院长笋哥(Hugo)的合作。他强调三件事：(一)神甫绝对禁止结婚。(二)不得实行圣职买卖。(三)非经圣职人员及会众选举，没有人可担任教会职务。

然而教皇利奥九世在位时也有难处。我们还记得东西方教会之间早有歧异，距离日远，只是到目前为止，教会仍是一体。直到利奥九世在位，东西方教会才正式决裂。这事导因于利奥九世与君士坦丁堡主教长瑟如拉留(Michael Cerularius)之间的不睦。公元1054年，教皇利奥九世的代表拿着教皇革除瑟如拉留教籍的诏谕，放在君士坦丁堡圣苏菲亚教堂的圣坛上。主教长瑟如拉留盛怒之下，一报还一报，也革除了教皇利奥九世的教籍。于是东西方教会正式分裂为二：东方为希腊教会，西方为拉丁教会。教皇利奥九世去世后，德皇亨利三世又指派一位德国人为教皇，号称维克托二世。