潘念慈的父亲潘志寰是20世纪20年代加入中国共产党的老地下党员，曾参加了綦江县共产党地下组织领导的“拒毒”、“募捐赈灾”、“武装反u2018剿赤u2019斗争”等重要活动。潘念慈从小就随进行共产党地下活动的父亲，先后到重庆、合川、成都、新都、上海等地，直到抗日战争爆发，共产党和国民党第二次合作，建立抗日民族统一战线后，才回到綦江，就读于綦江中学。他受父亲的影响，追求进步，拥护革命，追求真理。潘志寰回綦江后不久，因积劳成疾，患重病而逝世。

1938年7月，潘念慈继承父亲的遗愿，毅然经重庆、成都、西安，奔向延安，参加了国民革命军第八路军（简称八路军，系陕北的红军主力改编），并分配到延安的抗日军政大学旬邑镇分校学习。是年11月，他加入了中国共产党。1939年1月，他又到延安安关堡的青年训练班学习；是年10月，分配到中央青年委员会乡下工作团任工作组长、教育干事。1940年2月，潘念慈到延安的毛泽东青年干部学校学习，后任校务处供应股副股长。是年9月，他被分配到延安的中央医院，先后任指导员，管理科副科长，总务处长。1947年2月，在延安的中央医院机构进行调整，由平时体制向战地医院过渡，正式改编为第一后方医院，归陕甘宁晋绥联防军卫生部领导。潘念慈先后任第一后方医院办公室主任、副院长、院长。1950年7月。潘念慈先后任中国人民解放军第二陆军医院院务委员会主任、院长兼政委。1951年7月，他又任中国人民解放军第六陆军医院院长。1954年7月，潘念慈任中国人民解放军第四军医大学第二附属医院政委。1956年8月，他又任第四军医大学附属口腔医院政委。1960年5月，潘念慈调任中国人民解放军第四军医大学训练部政委。

在抗日战争和解放战争时期，潘念慈先后参加了青化砭、羊马河、蟠龙、榆林、沙家店、瓦子街、宜川、澄合、荔北、扶眉等战役，为中国人民解放事业作出了贡献，荣获了三级解放勋章、独立功勋荣誉章、人民功臣章和西北解放纪念章。1955年，他被授予上校军衔。

1971年，潘念慈因病离职休养，享受副军职待遇。潘念慈在病重期间，庄重地向组织及其家属表达了逝世后丧事从简，不举行悼念仪式，不设灵堂，婉拒悼礼，并将遗体捐献作为医学研究之用的心愿，表现了一个老共产党员的伟怀和高风亮节。

1998年7月2日，潘念慈因病医治无效，在第四军医大学西京医院逝世。