生于瓦哈卡州的扎波特克族（Zapotec）纯血统的印第安人农民家庭。3岁失去父母，由舅父抚养。早年当过仆役、学徒，后进天主教神学学校学习。1829年考入瓦哈卡科学和艺术学院，专攻法律和政治。在欧美自由民主思想的熏陶下，成为当时先进的知识分子。毕业后于1834年获准开业当律师。

　　1810～1821年墨西哥人民推翻西班牙殖民统治的民族解放战争，独立以后爱国进步力量为建立共和民主制度与捍卫民族独立的斗争，都给他以重大影响，激发了他为捍卫民族独立、国家主权和人民自由而战斗的意志和决心。在1846～1848年抗击美国武力兼并的卫国战争中，他坚定不移地站在以自由派为首的爱国力量一边。1847～1852年，任瓦哈卡州州长，在该州进行抗击美国侵略的准备，保护印第安人利益，进行行政管理改革，成了杰出的自由派人物。卸任后，他重操律师旧业，到母校科学和艺术学院任教，但不久，他又投入了反对独裁、争取自由的改革斗争。1854年，胡亚雷斯支持自由派印第安人将军胡安·阿尔瓦雷斯的“阿尤特拉计划”，参与推翻安东尼奥·洛佩斯·德·桑塔·安纳独裁政权的起义。1855年，在阿尔瓦雷斯政府中任司法部长和首席法官，先后制定了废除教会与军官特权的《华雷斯法》和《莱多法》，并参与领导制订1857年宪法。1857年底，保守派苏洛阿加反对改革，发动叛乱。

　　1858年2月，总统伊格纳西奥·科蒙福特逃亡美国，胡亚雷斯出任临时总统，在瓜纳华托组成新的联邦政府，领导“革新战争”(1858～1860)。1860年12月，胡亚雷斯政府军打败了保守派的军队。次年 1月，重返首都墨西哥城。1861年 6月，国会正式选举他为总统。由于财政困难，胡亚雷斯政府于 7月17日宣布停止偿付外债两年。西班牙和英、法债权国以此为借口，决定共同出兵墨西哥，进行早已策划的干涉。1862年4月，经过谈判后，英、西撤走了军队，但法皇拿破仑三世却组织远征军扩大干涉战争。1863年6月，法军占领墨西哥城，扶植奥地利马克西米利安大公为墨西哥傀儡皇帝马西米连诺一世，妄图把墨西哥变成法国的附庸。

　　1863年 5月，胡亚雷斯撤出首都，向北转移，以边境城镇诺尔德(1888年改称胡亚雷斯城)为根据地，广泛开展游击战，困扰侵略军。经过3年多的抗战，到1867年初，战局朝着有利于墨西哥的方向迅速发展。法国被迫撤走侵略军队。胡亚雷斯乘势大举反攻，俘虏傀儡皇帝，光复全部国土。7月15日，胡亚雷斯政府迁回首都，抗法自卫战争胜利结束。1867年和 1871年，胡亚雷斯连续当选为总统。他在任内大力进行战后恢复工作，修筑铁路，兴办教育，在每个村庄设立印第安人初级学校。镇压退伍军人暴动和波费里奥·迪亚斯的叛乱。1872年 7月 28日病逝，终年66岁，遗体葬于圣斐南多神庙中。
　　华雷斯一生为捍卫墨西哥民族的独立、打击国内封建势力立下了不朽功勋，成为墨西哥国家统一、政治民主和社会进步事业的奠基人之一。墨西哥人民至今一直崇敬他，尊他为最伟大的民族英雄和维护人民权利的斗士。一些世界名人也称他为“   使自由复活的美洲英雄”。