他大学毕业后即从军，先后担任多支部队的指挥官，其中最知名的是指挥在2003年伊拉克战争期间第一支进入伊拉克的美军地面部队——海军陆战队第一远征队下属的第五团。邓福德从2010年10月开始担任海军陆战队副司令。

2009年5月，邓福德指挥第一海军陆战远征队，在不到一年的时间里，他又被提升到助理指挥官一职。

2012年10月10日，美国总统奥巴马正式提名美海军陆战队副指挥官约瑟夫·邓福德出任驻阿富汗美军司令，而前驻阿美军司令约翰·艾伦将被调往欧洲，出任北约最高指挥官。　　

2012年10月10日，美国国防部长帕内塔宣布，约翰·艾伦接任北约最高军事长官一职，美国海军陆战队副司令约瑟夫·邓福德将接替北约驻阿富汗部队司令一职。

奥巴马当天提名邓福德担任驻阿富汗美军司令，监督美军在2014年底从阿富汗撤军计划。前驻阿富汗美军司令艾伦将被调到欧洲出任北约最高军事长官一职。　　

奥巴马在声明中赞扬了艾伦在担任驻阿富汗美军司令期间，领导军队帮助阿富汗从关键时期过渡，并表示他个人信赖艾伦的建议，称赞对艾伦为国家安全和服务对象所作的贡献。奥巴马说：“在艾伦的指挥下，美国在击败基地组织的核心目标上取得重要进展，确保基地组织不会重新回到阿富汗。”同时，他还指出，艾伦任职期间，与北约国家和其他合作伙伴保持着密切的关系。　　

对于任命邓福德担任驻阿美军司令，奥巴马表示，如果参议院批准他的任命，他相信以邓福德丰富的经验、战略领导力以及远见，定会带领美军抵达新的里程碑，允许美国负责任地结束阿富汗维和行动。目前，美国在阿富汗还有68,000名驻军。　　

参加北约国防部长会议的国防部长帕内塔称赞邓福德是一位“极具天赋的战略领导人”，邓福德曾在2003年领导陆战团入侵伊拉克，后又担任伊拉克第一陆战团的参谋长和助理指挥官，随后前国防部长盖茨任命他担任海军陆战队的高级职务。

2015年5月5日，美国总统奥巴马提名美海军陆战队司令约瑟夫·邓福德接替登普西，出任第十九任美军参谋长联席会议主席。5日中午，奥巴马在白宫宣布了对邓福德的提名，他还同时提名美国运输司令部司令保罗·席尔瓦出任新任美军参联会副主席。奥巴马在当天的提名仪式上表示，自己了解并信任邓福德。他说，邓福德在担任驻阿富汗美军司令期间的表现让他印象深刻。

2017年9月27日，邓福德连任参谋长联席会议主席。