创建公司

1995年5月，朱文臣创建了河南辅仁药业有限公司，并按照国家实现中医现代化的要求，带领年轻的“辅仁”，启动了现代化发展战略研究，建立中药科研基地，利用先进的生产与检测技术，面向国际和国内中成药市场，与北大药学院（原北京医科大学）、中国中医药研究院等单位联合，取得了益心通脉颗粒等国家级新药产业化的技术突破和成果创新。多年来，在他的带领下，共开发医药新产品52个，其中益心通脉颗粒、糖尿乐胶囊、辅仁齿痛消炎灵、辅仁小儿清热宁、心脑康胶囊等十多个品种，已成为全国知名品牌。 1999年，朱文臣又带领辅仁人实施了GMP规范生产战略，不惜巨资引进世界领先、国内一流的制药和检测设备，从生产环境的改造一直到成品检验，一步一个脚印，追求质量，精益求精。并于2001年顺利通过了国家GMP标准认证，成为当年省内3家通过认证企业中认证项目最全的一个。完成了辅仁药业质量上的飞跃。 朱文臣潜心钻研现代营销学，根据国内中成药市场的现状，结合辅仁药业的实际情况，在全国市场建立了直销网络系统、OTC网络系统、临床网络系统，实现了辅仁营销网络系统和经销商网络系统的有机结合。并为辅仁营销人员制定了长线产品，以点取量；普药产品，以面取量的市场攻略，使辅仁产品在全省乃至全国迅速流动起来，并使辅仁品牌享誉大江南北。

控股其他公司

2002年，朱文臣领导辅仁药业控股省内知名医药企业河南怀庆堂制药有限公司，并将其改组为辅仁怀庆堂制药有限公司，创造了业界的一个奇迹。改组后，朱文臣带领辅仁怀庆堂制药有限公司，引进先进的生产设备和大批的专业科技人才，秉承辅仁药业深厚的企业理念和科学的经营理念，并在辅仁先进模式的管理下很快实现了快速增长。 同年，朱文臣又率领辅仁药业控股了饮誉九州的河南宋河酒业股份有限公司，创造了业界的又一奇迹。朱文臣坚持走企业集团化、产业化发展之路，坚持以药业、食品业两大健康产业为主，多个资本项目相支持的企业发展战略，使辅仁集团逐步发展为了跨地区、跨行业的企业集团。宋河酒业股份有限公司纳入辅仁集团的大旗下之后，朱文臣进行了一系列的大动作，从管理改革入手，通过品牌运作和市场整合，从而加速实现对消费者的承诺和社会的回报，并以市场为依托，努力实现品牌扩张和企业再造。使濒临倒闭的宋河酒业股份有限公司迅速扭亏为盈，年销量翻了数倍，市场占有率迅速提升，逐步实现了重铸宋河辉煌的梦想。

注册新公司

2003年，为了促进企业科技进步，朱文臣又带领辅仁药业，在企业设有技术创新中心、产品开发公司的情况下，依然注册成立了河南医药科技开发有限公司，分别致力于对现有医药产品生产工艺的改进，剂型的完善，疗效的提升及新药品种的筛选和研制。以长线运营与短线动作相结合，承担项目与研发产品为互动，结合全国各大科研机构的科技信息和科研实力，进行卓有成效的运作，确保企业持续、健康的发展。 新世纪以来，朱文臣对辅仁的发展有了更为深远的企划，特别是中国入世以后，更坚定了他建立中国大型医药企业的信心。经过多方努力，联合省内几家大型医药企业，由辅仁作为主导企业，朱文臣提出了组建“河南省医药股份有限公司”的具体方案，该公司为河南省最大的医药企业，资产总量上市后迅速膨胀，成为了河南医药企业成长为国际品牌的大型航母。

先后荣获“第四届全国乡镇企业家”、“河南省劳动模范”、“河南省优秀人大代表”、“河南省优秀民营企业家”、“河南省优秀中国特色社会主义事业建设者”、“河南省青年星火带头人”河南首富等荣誉称号。全国人大代表、辅仁药业集团董事长朱文臣向十二届全国人大一次会议提出建议，为“发虚”的药品价格开剂“良药”。

2018年5月，2018新财富500富人榜发布，朱文臣以64.2亿元排名第499。

一封署名为“原上海辅仁药业股份有限公司董事总经理邱云樵及妻子武姣姣”，反映辅仁药业董事长朱文臣“涉嫌骗贷”、“违反计生政策”以及 “个人生活作风”问题的公开举报信，在多家网络论坛引发大量转载。2015年9月被举报人朱文臣接受采访时，对公开举报回应称：“纯粹是胡说八道”。