他一生注书甚多，注有《孝经》、《论语》、《诗》、《周易》、《三礼》、《尚书》、《列女传》、《老子》、《淮南子》、《离骚》等书，皆已散佚，清人编的《玉函山房丛书》、《汉学堂丛书》都有辑录。另有赋颂等作品，有集已佚，明人辑有《马季长集》。

　　马融俊才善文，曾从京兆（今属西安市）处士挚恂问学。汉安帝时，任校书郎，诣东观（朝廷藏书处）典校秘书。因得罪当权的外戚邓氏，滞于东观，十年不得升官。直到邓太后死后，才召拜郎中。汉桓帝时，外任南郡太守，因忤大将军梁冀，遭诬陷，免官，髡徙朔方。后得赦，复拜议郎，重在东观著述，以病辞官，居家教授。他达生任性，不太注重儒者节操，常坐高堂，施绛纱帐，前授生徒，后列女乐，开魏、晋清谈家破弃礼教的风气。其学生多达四百余人，升堂入室者有五十余人，其中郑玄、卢植是佼佼者。 马融博通今古文经籍，世称“通儒”。

　　长期在东观校书著述，为他能综合各家之学，遍注古文经典，提供了十分有利的条件。他善于吸取前人的学术研究成果，他曾想训解《左氏春秋》，及见贾逵、郑众的著作，就说：“贾君精而不博，郑君博而不精。既精即博，吾何加焉！”（《后汉书·马融列传》）他综合了贾、郑二家的优点，撰成《春秋三传异同说》，是《春秋》学集大成的一部专著。马融还与北地太守刘环讨论过《春秋》学的一些分歧问题。

　　据考证，马融注《易》，源于《费氏易》，又杂采子夏之说以及孟氏、梁丘氏、京房氏诸家《易》学。注《尚书》，取郑氏父子和贾逵之说。注《诗》，除《毛氏诗》外，兼采《韩诗》。此外，马融注《三礼》、《孝经》、《论语》；甚至注《老子》、《淮南子》、《离骚》、《列女传》（刘向撰）等。他还著赋、颂、碑、诔、书、记、表、奏、七言、琴歌、对策、遗令，凡二十一篇。 马融之学，属于古文经学中的一种典型。在儒家经学的发展史上，马融开始了综合各家、遍注群经这种带有开创性的工作，他的经注成就，使古文经学开始达到成熟的境地，预示着汉代经学发展将步入新的时期。马融的经学著作多已佚。清人马国翰《玉函山房辑佚书》黄 《汉学堂丛书》有部分辑录。

　　后汉书 卷六十上

　　马融字季长，扶风茂陵人也，将作大匠严之子。为人美辞貌，有俊才。初，京兆挚恂以儒术教授，隐于南山，不应征聘，名重关西，融从其游学，博通经籍。恂奇融才，以女妻之。

永初二年，大将军邓骘闻融名，召为舍人，非其好也，遂不应命，客于凉州武都，汉阳界中。会羌虏飙起，边方扰乱，米谷踊贵，自关以西，道殣相望。融既饥因，乃悔而叹息，谓其友人曰：「古人有言：’左手据天下之图，右手刎其喉，愚夫不为。’所以然者，生贵于天下也。今以曲俗咫尺之羞，灭无赀之躯，殆非老、庄所谓也。」故往应骘召。

四年，拜为校书郎中，诣东观典校秘书。是时邓太后监朝，骘兄弟辅政。而俗儒世士，以为文德可兴，武功宜废，遂寝蒐狩之礼，息战陈之法，故猾贼从横，乘此无备。融乃感激，以为文武之道，圣贤不坠，五才之用，无或可废。元初二年，上《广成颂》以讽谏。其辞曰：

　　臣闻孔子曰：「奢则不逊，俭则固。」奢俭之中，以礼为界。是以《蟋蟀》、《山枢》之人，并刺国君，讽以太康驰驱之节。夫乐而不荒，忧而不困，先王所以平和府藏，颐养精神，致之无疆。故戛击鸣球，载于《虞谟》；吉日车攻，序于《周诗》。圣主贤君，以增盛美，岂徒为奢淫而已哉！伏见元年已来，遭值厄运，陛下戒惧灾异，躬自菲薄，荒弃禁苑，废B12D乐悬，勤忧潜思，十有余年，以过礼数。重以皇太后体唐尧亲九族笃睦之德，陛下履有虞烝烝之孝，外舍诸家，每有忧疾，圣恩普劳，遣使交错，稀有旷绝。时时宁息，又无以自娱乐，殆非所以逢迎太和，裨助万福也。臣愚以为虽尚颇有蝗虫，今年五月以来，雨露时澍，祥应将至。方涉冬节，农事间隙，宜幸广成，览原隰，观宿麦，劝收藏，因讲武校猎，使寮庶百姓，复睹羽旄之美，闻钟鼓之音，欢嬉喜乐，鼓舞疆畔，以迎和气，招致休庆。小臣蝼蚁，不胜区区。职在书籍，谨依旧文，重述蒐狩之义，作颂一篇，并封上。浅陋鄙薄，不足观省。

……

　　颂奏，忤邓氏，滞于东观，十年不得调。因兄子丧自劾归。太后闻之怒，谓融羞薄诏除，欲仕州郡，遂令禁锢之。

太后崩，安帝亲政，召还郎署，复在讲部。出为河间王厩长史。时车驾东巡岱宗，融上《东巡颂》帝奇其文，召拜郎中。及北乡侯即位，融移病去，为郡功曹。

　　阳嘉二年，诏举敦朴，城门校尉岑起举融，征诣公车，对策，拜议郎。大将军梁商表为从事中郎，转武都太守。时西羌反叛，征西将军马贤与护羌校尉胡畴征之，而稽久不进。融知其将败，上疏乞自效，曰：

　　今杂种诸羌转相抄盗，宜及其未并，亟遣深入，破其支党，而马贤等处处留滞。羌胡百里望尘，千里听声，今逃匿避回，漏出其后，则必侵寇三辅，为民大害。臣愿请贤所不可用关东兵五千，裁假部队之号，尽力率厉，埋根行首，以先吏士，三旬之中，必克破之。臣少习学艺，不更武职，猥陈此言，必受诬罔之辜。昔毛遂厮养，为众所蚩，终以一言，克定从要。臣惧贤等专守一城，言攻于西而羌出于东，且其将士必有高克溃叛之变。

　　朝廷不能用。又陈：「星孛参、毕，参西方之宿，毕为边兵，至于分野，并州是也。西戎北狄，殆将起乎！宜备二方。」寻而陇西羌反，乌桓寇上郡，皆卒如融言。

　　三迁，桓帝时为南郡太守。先是融有事忤大将军梁冀旨，冀讽有司奏融在郡贪浊，免官，髡徙朔方。自刺不殊，得赦还，复拜议郎，重在东观著述，以病去官。

　　融才高博洽，为世通儒，教养诸生，常有千数。涿郡卢植，北海郑玄，皆其徒也。善鼓琴，好吹笛，达生任性，不拘儒者之节。居字器服，多存侈饰。尝坐高堂，施绛纱帐，前授生徒，后列女乐，弟子以次相传，鲜有入其室者。尝欲训《左氏春秋》，及见贾逵、郑众注，乃曰：「贾君精而不博，郑君博而不精。既精既博，吾何加焉！」但著《三传异同说》。注《孝经》、《论语》、《诗》、《易》、《三礼》、《尚书》、《列女传》、《老子》、《淮南子》、《离骚》，所著赋、颂、碑、诔、书、记、表、奏、七言、琴歌、对策、遗令，凡二十一篇。

　　初，融惩于邓氏，不敢复违忤势家，遂为梁冀草奏李固，又作大将军《西第颂》，以此颇为正直所羞。年八十八，延熹九年卒于家。遗令薄葬。族孙日磾，献帝时位至太傅。

　　论曰：马融辞命邓氏，逡巡陇、汉之间，将有意于居贞乎？既而羞曲士之节，惜不赀之躯，终以奢乐恣性，党附成讥，固知识能匡欲者鲜矣。夫事苦，则矜全之情薄；生厚，故安存之虑深。登高不惧者，胥靡之人也；坐不垂堂者，千金之子也。原其大略，归于所安而已矣。物我异观，亦更相笑也。

　　东汉时，扶风有个马融，跟着当时很有声望的挚恂学习。挚恂有个女儿，名叫碧玉。她看见马融自恃少年聪明，不肯刻苦学习，心想挫挫他那股傲劲，便提出要和马融比比学问。马融那里把碧玉放在眼里，两人便一起来到挚恂面前，要求出题比试。

　　挚恂明白女儿的心思，在地上写了句“一牛生两尾”的字谜叫马融和碧玉猜。马融搔头挠耳好半天，想不出谜底。碧玉却不假思索地在地上写了个“失”字。马融心里不服气，要求再出一谜。挚恂又在地上写了“牛嫌天热不出头”。马融苦思冥想后抢着说：“是u2018伏u2019字”挚恂摇摇头。接着碧玉不慌不忙在地上写了个“午”字，挚恂赞许。马融心里很不是滋味，强辩说：“学生平月推理周易，未习字谜，还是再考一次吧。”挚恂笑了笑，又出了个题：昔时有一个妇女，兵荒马乱与丈夫孩子失散，寄宿在庵堂里。一天晚上，做了一个梦，梦见庵内尼姑，命她推磨磨麦子。妇女累得浑身无力，越想越伤心，就扑河寻死了。满塘荷花也觉伤情，花瓣全部落下。这个梦该怎样解释?

　　马融如坠五里雾中，好半天才硬着头皮说：“恐怕是妇女思念丈夫、孩子心切，精神有了毛病了吧。”挚恂很生气，严厉地瞪了马融一眼，转身叫女儿回答。碧玉想了想， “磨麦，可见夫面，莲花落瓣，则可见子，妇女此梦，当和丈夫，孩子重逢。”

　　三个题目，马融都没有回答对，一气之下，独自一人来到仙游寺旁，劈石筑室，发奋读书。几易寒暑，研究了谱子百家经典，对许多名篇倒背如流。从此，才思更加敏捷，写起文章妙笔生花，成了名噪一时的通儒，他在绛帐设立学馆，跟他学习的达千余人。著名经学大师郑玄，就是他的学生。挚恂见马融才华出众，便把碧玉嫁给了他。

　　从此，不少少游客纷纷来这个石室参观，苏东坡还写了首《马融石室诗》： 未应将军聘，初从季直游。 绛纱生不识，苍石尚能留。 岂害依梁冀，何须困李侯。 吾诗慎勿刻，猿鹤为君羞。