万历八年（1580）进士，授贵溪知县，擢兵部主事，进员外郎，署职方事。李成梁子李如桢求为锦衣大帅，袁萃力争，寝之。出为浙江提学佥事。巡抚牒数十人寄学，立却还之。官至广东海北道副使，中馆李敬辖珠池，其参随擅杀人，袁萃捕论如法，遂请告归。袁萃著有《林居漫录》（前集六卷，畸集五卷）、《弹园杂志》，《四库总目》及《明史本传》并传于世。

史称所撰《林居漫录》、《弹园杂志》，多贬斥当世公卿大夫，而於李三才、于玉立尤甚。今观是书，所载多朝野故实，往往引明初之事以证明季弊政，而词气过激，嫌於已甚。又因力排良知之说，与王守仁为难，遂并其事功而没之，不免矫枉过正。至胪载闾巷琐事，多参以因果之说，尤失於庞杂矣。