朱序是当世名将，起初担任何职不详，后来经过多次升迁至 鹰扬将军、江夏相。

兴宁三年（365年）十月， 梁州刺史 司马勋起兵反叛朝廷，自称梁益二州牧、 成都王。十一月，司马勋带兵进入 剑阁（今四川剑阁东北），攻打 涪城（今四川绵阳东），继而在成都（今四川成都）包围益州刺史 周楚。大司马 桓温得知司马勋叛乱后，便上表朝廷任命朱序为征讨都护，派他率军前往成都讨伐司马勋，以援救周楚。

太和元年（366年）夏天，朱序与周楚在成都击败司马勋，并擒获司马勋及其同党，平息叛乱。随后，朱序与周楚将司马勋等人押送到桓温那里，桓温将他们全部斩首，而后将他们的首级传送到京都 建康（今江苏南京）。朱序因平叛有功，朝廷升任他为 征虏将军，赐封爵位为襄平子。

太和四年（369年），当时东晋与 前燕交战，朱序和前锋 邓遐在 林渚大败前燕将领 傅末波（一作 傅颜）。

宁康二年（374年，《 晋书·朱序传》误作太和年间），朱序调任兖州刺史。当时吴兴郡 长城县人钱步射、钱弘等聚众一百多人作乱，藏匿在原乡山。朝廷任命朱序为中军司马、吴兴太守，前往讨伐叛乱。朱序到任后，派兵攻打并擒获钱弘等人，平定叛乱。叛乱平定后，朱序返回兖州继续担任刺史。

太元元年（376年）， 前秦攻打 前凉，车骑将军 桓冲得知后，派朱序与江州刺史 桓石秀、荆州督护 桓罴率兵在 沔水、 汉水一带游巡，声援前凉。不久，前秦灭亡前凉，朱序等人停止行动。

太元二年（377年，《晋书·朱序传》误作宁康初年）三月，征西大将军 桓豁上表朝廷任命朱序为使持节、监沔中诸军事、 南中郎将、梁州刺史，镇守襄阳（今湖北襄阳）。

太元三年（378年）正月，前秦天王 苻坚派将领 苻丕、 杨安、 慕容垂、 姚苌等人率领共计十七万大军，分兵四路会合攻打襄阳。四月，秦军抵达沔水以北，朱序认为秦军没有舟船，未作防备。等到秦将 石越率领五千骑兵顺流渡过汉水，朱序惶恐惊骇，固守襄阳中城。石越攻克襄阳外城，缴获一百多艘船只，用来接运其余的兵众。苻丕统领众将领攻打襄阳中城。起初，朱序的母亲韩氏听说秦军将要到达，亲自登上城墙察看是否坚固。行至西北角，认为这里不够坚固，于是就率领女仆及城里的成年女子一百多人在城墙里边斜着修筑一道二十多丈的城墙。等到秦军来到后，西北角的城墙果然遭到攻破，兵众们转移到新城墙上防守，秦军于是撤退。襄阳人称这段城墙为“夫人城”。当时秦军的粮草将要用完，于是急攻襄阳城。

太元四年（379年）正月，朱序屡屡出战，击败秦军。当时军心劳顿松懈，朱序认为秦军已逐渐远退，必定不会前来，因此不再设防。二月，襄阳督护李伯护秘密地派其子到前秦表示愿意投降，请求作为内应。苻丕于是命令各路部队进攻襄阳。二月戊午日，秦军攻克襄阳，抓获朱序，将他送至前秦都城 长安（今陕西西安）。苻坚认为李伯护不忠诚，把他杀掉示众。朱序想逃回东晋，于是秘密到宜阳，藏在夏揆的家里。苻坚怀疑夏揆并将他拘捕，朱序就到 苻晖那里自首。苻坚因为朱序能够保持气节，因此非常赞赏他，没有追究他逃离之罪，授任他为度支尚书。

太元八年（383年），苻坚率军南下攻打东晋，谢石率军抵御秦军。苻坚将大部队留在 项城（今河南 沈丘），带领八千轻装骑兵，日夜兼程赶赴寿阳与苻融的三十万大军汇合。苻坚派朱序前去劝说谢石等人，称述自己的军威。朱序私下里却对谢石等人说：“如果秦军的百万兵众全部抵达，确实难以与他们抗衡。如今乘着各路军队尚未会集，应该迅速攻击他们。如果能打败他们的前锋部队，那他们就已经丧失士气，最终就可以攻破他们。”于是谢石派 谢琰挑选八千名勇士渡过肥水挑战。秦军稍微向后撤一点，朱序在军阵后面高声呼喊：“秦军失败了！”于是秦军大败奔逃。朱序乘机与张天锡、徐元喜投奔东晋。此战即历史上著名的 淝水之战。十一月初十日，东晋朝廷授任朱序为 龙骧将军、琅邪内史。后改任监扬州、豫州五郡军事，豫州刺史，屯兵洛阳（今河南洛阳）。

太元十一年（386年）， 丁零首领 翟辽杀害黎阳太守滕恬之，占据黎阳反叛东晋，朱序派将军秦膺、童斌与 淮水、 泗水一带的各郡共同讨伐翟辽。同年八月，翟辽侵犯 谯郡（今安徽亳州），朱序率军击退翟辽。

太元十二年（387年）正月初八日，朝廷任命朱序为监兖、青二州诸军事，兖、青二州刺史，将军如旧，代替 谢玄镇守 彭城（今江苏徐州）；朱序认为彭城远离京都建康，支援不接，请求改镇 淮阴（今江苏淮阴），得到朝廷的允许。不久，翟辽派其子 翟钊进犯东晋的 陈留、 颍川二郡。朱序派秦膺击退翟钊，因功授任 征虏将军。朱序上表朝廷请求运送 江州米十万斛、布五千匹以供军用，朝廷下诏同意。

太元十三年（388年）四月二十九日，朝廷任命朱序为持节、都督司雍梁秦四州军事（一说都督雍梁沔中九郡诸军事），雍州刺史。晋孝武帝派广威将军、河守 杨佺期，南阳太守赵睦，各自率兵一千人隶属朱序。后朱序上表朝廷请求拨给原荆州刺史 桓石生一百顷田地、八万斛米。随后驻防洛阳，守卫陵墓。

太元十五年（390年）正月， 西燕皇帝 慕容永率军直奔洛阳而来，朱序从 河阴向北渡过 黄河迎战，与西燕将领王次等人相遇，便在 沁水与之交战，王次兵败退走，朱序斩杀其偏将勿支。朱序派参军赵睦、江夏相桓不才追击败退的燕军，在 太行山击败他们。慕容永率领残余兵众向 上党奔逃。当时 杨楷聚众数千人，在湖、陕一带，听说慕容永战败，派出人质到朱序那里请求归降。朱序亦率军追击慕容永到达上党的白水，与慕容永相持二十天。恰逢翟辽此时正打算进攻 金墉（一说洛阳），所以朱序才带着部队赶回。朱序在石门攻击翟钊，派参军赵蕃在怀县击败翟辽，翟辽连夜逃跑。朱序退驻洛阳，留下鹰扬将军朱党守卫石门；同时派其子朱略监管洛阳，并让赵蕃辅佐帮助他，朱序自己返回襄阳。会稽王 司马道子认为朱序胜负相抵，不加褒贬。

后来，前秦东羌校尉 窦冲想进入汉川，安定人皇甫钊、京兆人周勋等人打算迎他进来。梁州刺史 周琼失掉巴西三郡，兵少力弱，于是向朱序告急。朱序派将军皇甫贞领兵赴援。窦冲据守长安东部，皇甫钊、周勋散逃。

后来，朱序因年老多病，屡次上表朝廷请求辞职，但朝廷都不同意。太元十七年（392年）十月，朱序再度上表朝廷请求辞职，朝廷下诏拒不接受所上表章，于是他擅自离任。几十天之后， 廷尉要将他治罪，朝廷诏令宽赦不追究。

太元十八年（393年），朱序去世，追赠左将军、 散骑常侍。

朱序是东晋时期名将，早年曾率军平定 司马勋、钱弘等人的叛乱； 淝水之战中，帮助东晋大败 前秦；后来打败 西燕皇帝 慕容永，并且多次击退进犯东晋的 翟辽。

房玄龄等《 晋书》：“晋氏沦丧，播迁江表，内难荐臻，外虞不息，经略之道，是所未弘，将帅之功，无闻焉尔。逊、豹、宣、胤服勤于太兴之间，毛、邓、刘、朱驰骛乎咸和之后。虽人不逮古，亦足列于当世焉。”

父亲： 朱焘，历任西蛮 校尉、 益州 刺史、 平西将军。

母亲：韩氏，朱序守襄阳时曾因城墙西北角不够坚固而与妇女筑补助城（ 夫人城）协助晋兵防守。

朱略，曾镇守洛阳。

朱谌，官至 益州 刺史。

朱修之，朱谌之子，官至荆州刺史。