要想从根本上解决犬科动物重要疫病问题，必须在防疫上做文章。历经20余年的艰苦攻关，经过无数次的失败再失败，性格倔强的他终于在2000年研制出“犬五联弱毒疫苗”，成为国家唯一批准的犬用弱毒联合疫苗，获得了国家农业部颁发的新兽药证书和国家科技进步二等奖。面对党、国家和军队给予的褒奖，一心想把事业做强、做精、做大的他，没有止步，反而变走为跑，把眼光瞄准了更高的目标——狂犬病毒基因重组活疫苗。他利用建立的狂犬病病毒动物感染模型以及狂犬病毒核酸TaqMan探针荧光定量PCR检测方法，对狂犬病病毒在感染局部的增殖情况及病毒在体内的传播机制进行了探索性研究；利用反向遗传操作系统，构建了狂犬病病毒ERA突变株、Flury-G-G株及CDV-G株等新型疫苗候选株，为我国动物狂犬病新型疫苗的研制奠定了良好基础。

进入21世纪，世界范围内人兽共患病疫情此消彼长、愈演愈烈，禽流感、口蹄疫等这些平日里只在科研机构实验室里使用的名词，瞬间传遍了世界各个角落。一贯只争朝夕、不甘人后的夏咸柱院士，早已用敏锐的目光牢牢地锁定了人兽共患病防控这一科研主攻方向。

作为一名兽医科研人员，夏咸柱院士以保护濒危野生动物为己任，他与四川卧龙大熊猫保护研究中心,黑龙江横道河中国大型猫科动物繁殖基地以及各地的动物园、野生动物园毛皮动物养殖场等单位建立了合作关系，开展相关研究，有力推动了国家野生动物保护与经济动物养殖业的发展，取得了一系列重要研究进展。测定了小熊猫犬瘟热病毒的全部H基因和部分F基因序列，从分子水平确定了犬瘟热病毒的进化地位，填补了濒危野生动物疫病防治空白。在他的积极倡导下，2010年7月，国家林业局依托军事医学科学院军事兽医研究所批准成立了“长春野生动物疫病研究中心”。

2008年5月，汶川发生特大地震后，夏咸柱院士心系灾区，以国家和人民利益为重，丝毫不顾及年逾七十的高龄，主动请缨，不听同志们的劝说，硬是与军事兽医研究所专家防疫队队员一起深入抗震救灾第一线。44天时间，满头华发的夏咸柱院士翻山越岭，行程25000余里，对整个震灾区野生动物和家畜尸体进行无害化处理，指导当地兽医防疫人员开展消杀工作以及对地震灾区水源、空气中人兽共患病可疑传染源的传播进行不间断监测，为党中央和胡锦涛主席强调的“确保大灾之后无大疫”提供了有力的科学保证，被总后勤部评为“抗震救灾先进个人”称号。

30多年来，夏咸柱院士在动物疫病的防治和研究方面做出了突出成绩。参与“13种动物病毒的分离鉴定”研究，在我国首次分离了10余种动物的多种病毒，为我国动物疫病防治奠定了理论基础，其中虎流感病毒、熊猫犬瘟热病毒与冠状病毒均为国内外首次发现。开展虎、熊猫等濒危的疫病防治研究，有效地控制了这些野生动物的疾病发生。

获国家科技进步二等奖2项，三等奖1项，军队和省部级科技进步二等奖7项，三等奖9项；出版《养犬大全》、《野生动物疫病学》专著7部，发表学术论文200余篇，其中SCI文章11篇，累计影响因子33，累计培养出博士后、博士，硕士研究生80余名和一批动物疫病防治骨干。他的学生当中，有的已经成为军区卫生防疫部门领导、专家，有的在国外知名实验室担当骨干力量，他所领导的课题组成员，大多已经独立承担国家重点课题研究任务以及研究生培养工作。

先后被评为“国家有突出贡献的中青年专家”、“全军优秀教师”、总后勤部“一代名师”、总后勤部优秀共产党员；2002年荣获“全军专业技术重大贡献奖”；2008年被总后勤部评为“抗震救灾先进个人”；2008年被吉林省科委授予“吉林省十大科技传播人物”、2009年被中国畜牧兽医学会授予“新中国60年畜牧兽医科技贡献奖（杰出人物）”等称号。荣立三等功3次。

兼任“全军禽流感病毒检测确认实验室”主任、省部共建“人兽共患病重点实验室”学术委员会主任、河北省“预防兽医学实验室”（河北科技师范学院）荣誉主任。现兼任国家技术发明奖、科学技术进步奖评审委员会委员；军事医学科学院专家组成员；全军应急专家；中国农业科学院第五届学术委员会委员；解放军医学会常务理事；中国畜牧兽医学会常务理事；中国工作犬管理协会常务理事；农业部第五届兽药评审专家。2006年当选为吉林省科学技术协会第七届委员会副主席。2008年被聘为农业部第八届科学技术委员会委员。兼任《中国兽医学报》副主编；《病毒学报》编委；《微生物学报》编委；《中国生物制品学杂志》编委；《中国病原生物学杂志》编委；《兽类学报》编委；军事医学科学院第七届《军事医学科学院院刊》编委会/副主编；《中国畜牧科技论坛》编委会顾问；《中国兽药杂志》顾问；《黑龙江畜牧兽医》顾问；《动物医学进展》编委；《中国动物传染病学报》编委。被吉林大学、东北农业大学、吉林农业大学、东北林业大学、中国农科院哈尔滨兽医研究所、中国医学科学院中国协和医科大学实验动物研究所、华南农业大学、新疆石河子大学、扬州大学、西北民族大学及广东省农业科学院等多个大学或研究机构聘为兼职教授或客座研究员。

现主持全军医学科学技术研究“十五”计划重点项目：“军犬重要疫病被动免疫制剂与RV-CAV2基因重组活疫苗研究”，国家十五攻关课题“北方哺乳动物禽流感流行病学调查与研究”、“高致病性禽流感紧急预防与治疗制剂研究”和国家自然科学基金课题“虎源高致病性禽流感病毒演化特点与种间传播分子基础研究”等课题研究。