于明朝万历十三年乙酉（1585年）领乡荐，万历二十年壬辰（1592年）登进士第，殿试一甲二名，授编修。万历二十六年戊戌（1598年），充会试同考官，后奉诏出使粤西，不久升侍读，转中允。丁内艰，停职回家治理丧事；除服就任，升左谕兼侍读。万历三十六年戊申（1608年），史继偕就请求乞休，上了三次奏疏均未获得皇上批准。翌年已酉（1609年），擢南祭酒；不久，史继偕被推为南吏部侍郎，摄尚书事，署户、礼、工三部。万历三十九年辛亥（1611年）署都察院，后改礼部侍郎，协理詹事府，又受推为吏部右侍郎兼翰林院侍读学士。史继偕三次提出辞退，都不获允许，于是从命到京就任视事，仍兼掌尚书事。万历四十七年已未（1619年）二月，史继偕授为会试正考官；同年三月，与大学士方从哲、户部张问达同为殿试读卷官，为取头名状元庄际昌受恶意攻击，一气之下，辞朝南行，至浙江接邸报升东阁大学士，时神宗万历皇帝已经驾崩。史继偕回到家乡，又上疏乞休，仍然得不到批准。天启元年辛酉（1621年）六月，朝廷差官来催促，要他马上到京视事。当他到京上任才近一个月的时间，就被加封太子太保兼文渊阁大学士。天启二年壬戌（1622年），史继偕与叶向高等被命为神宗、光宗两朝《实录》的总裁。这时，阮大铖攻讪愈剧，史继偕也不断力求乞归而被皇上不断慰留，直至天启元年癸亥（1623年）七月，史继偕一共上了十八疏，才被恩准，诏许给驿归，仍加少保，荫一子为中书舍人，并赐银币，遣官护行；同年同月，改荫大学士史继偕长子遵灏中书舍人，中男延旭补前荫《熹宗实录》。

　　万历末期，朝廷昏暗，吏治理腐败，官场废弛，天灾，倭患，边境告急，内外交乱，确是国无宁日，民不卿生。而 神宗方深居禁中，一切命将请兵疏奏皆不报。当时，内魏忠贤所指挥，傍有客氏为之操纵，蚁附蝇集，千方百计驱除善类。在这种情况下，史继偕对朱明王朝还是耿耿忠心。万历四十七年己未（1619年）七月，辽阳经略杨镐告急，神宗皇帝竟以病为借口，不予临朝。 继偕与（赵）焕会九卿科道请帝视朝，召见廷臣议方略，跪候至晚 还搬请不动。朝官在努力无效的情况下，失去信心，大有树倒猢狲散之势，纷纷疏辞离朝，朝廷出现了瘫痪局面。万历四十六年（1618年），时内阁止一人，尚书止四人，侍郎止四人，科臣止七人，台臣在京者止十人。史继偕因才高政廉，曾一度署户、礼、工三部，力清盘库盗帑积弊；署都察院时，严加稽覆弊端；任吏部右侍郎时，对官员的考察，以训廉为主，种种等等，在不同程度上，对一批官吏降黜免不了引起忌恨，所以在朝推阁下，忌者恐资次及继偕，故先发阨之。其攻击的借口有二端；其一，为万历四十七年己未（1619年），继偕为会试考官，取庄际昌等三百五十名进士及第出身，由于一甲一名庄际昌进呈卷第三行刮补数字，又误写醪字为胶字。庄际昌与史继偕同为晋江人，因而朝廷内外，舆论大哗，认为是史继偕作弊偏袒，私其门人，发出鼎甲可以市恩 的责问。其实，庄际昌进呈卷的讹字的问题，责任并不全在史继偕。因当时殿试读卷官总裁是宰首方从哲，再说状元又是神宗皇帝亲点的，容不了史继偕作弊而且方从哲也早已在神宗时承认进卷失详，恳恩认罪，并已得到神示皇帝的宽解，认为简税失详，既引罪，姑宥之。其二，先诬陷史继偕的儿子在海上掠货。对此，皇上知共谬，不报。继之在天启三年（1623年）三月，吏部右给事中阮大铖更是捕风掠影，接枝添叶，绘声绘色地诬告说：泉州有一钱会，盖人醵钱一文以聚众也。风闻辅臣史继偕子史八舍，阴为盟主。乞谕抚按官，凡邪会异教预行禁止，其已经发觉者，务根究正罪如律。史继偕对这种以道听途说作为口实的诬告，据理力争，以法护法。具疏陈辨：臣一见科臣阮大铖疏，不胜惭愧，臣子在籍，臣乡府县监司具在，事若有端，便要严是鞫审，仍趁抚按。尽管有熹宗皇帝多方卫护，慰留，但史继偕仍然未能安心其位，月具数本，值至第十八疏，天启皇帝才依依不舍地答应他的恳求，准许他辞职返家。

史继偕致仕在家，正遇东南沿海海衅此起彼落。泉州是名城，海贼、倭寇、红夷更是虎视眈眈，合力为患。为了家乡百姓的安全，史继偕仍然不遗余力，珣之荐绅先生和父老，日夜操心泉州海防防御设施。并确定在车桥之下，浯屿之上，地名鹧鸪口，为郡东南门户。这里海洋多暗礁伏石，非潮涨巨舟不得引行寇至港门，列炮齐发，一夫之守，雄于万人。于是在天启七年丁卯（1627年）知府王猷和司理宣城唐侯两人，自己掏出俸赀，共举大役，在靡借于公帘，亦弗渔闾右一钱的情况下，如期诹吉鸠工。即在他临逝世之前的崇祯二年已己（1629年），还与另一位泉州知府蔡善继议建溜石铳台，并在很短的期间内建成，也为其作记。

　　史继偕辞职家居在对望石鼓山下的怡云野筑，潜心著述及整理文献，所著有《云台藏稿》十六卷；《奏议》四卷；《八闽人物》四卷；《太史一家》一卷；《越章录》四卷；《怡云草》一卷。崇祯二年已己（1629年）史继偕卒，返家居六年后于明崇祯八年（1635）二月以奢酋荡平加少师兼太子太师，加赠少师兼太子太师，享年七十五岁，谥文简，赐祭葬，又追赠左柱国太师兼太子太师，特晋光禄大夫礼部尚书文渊阁大学士。墓在晋江磁灶马四行山铺烛台山。