摄政期间，丹麦得到了飞速发展，当时海洋上的商船，除了挂英国国旗的之外，就数挂丹麦-挪威国旗的最多。在内政方面，他宣布解放农奴，外交方面则经历了对英战争等重大事件。1800年，英国为了对法国作战，企图使丹麦卷入，禁止丹麦-挪威商船进入法国和法属领地港口，甚至将丹麦-挪威商船连人带货扣押起来。弗雷德里克（当时为王太子）反应强烈，和俄罗斯帝国、普鲁士王国共同宣布武装中立。1801年，英国要求丹麦退出武装中立同盟，遭到拒绝，英国派霍雷肖·纳尔逊进攻丹麦，给予丹麦舰队重创。此后权衡国际局势，弗雷德里克决定如果中立无法维持下去就和英国结盟。但是英国出于“凡事都要抢先一步”的考虑，于1807年派出庞大的舰队来到丹麦，要求丹麦交出全部海军。弗雷德里克表示愿意同英国结盟，但是英国仍然坚持没收丹麦海军的要求。9月2日，英军炮轰哥本哈根，缴获丹麦全部舰队。

1808年，丹麦同拿破仑结盟。此年弗雷德里克正式即位，此前已经以王太子身份摄政了24年。丹麦加入了反法联盟，1810年，法国的贝尔纳多特元帅成为瑞典王储，之后瑞典抛弃法国，加入反法同盟。在反法同盟的支持下，1814年瑞典从丹麦手中夺得了挪威。挪威人则希望独立，并选举了弗雷德里克六世的堂弟克里斯蒂安·腓特烈为挪威国王，但是不久即被瑞典征服。1814年，与瑞典签订《基尔条约》，把挪威割让给瑞典，结束了丹麦和挪威多个世纪的联合。失去挪威之后，腓特烈放弃了担任执政时的开明思想，改行保守的独裁统治，审查和镇压反对势力。此外，经济也大受打击，至1830年代才稍有起色。1834年，他不得不进行轻微的民主改革，成立了地区性的咨询议会。1839年，弗雷德里克六世去世，葬在罗斯基勒。他的儿子都早于他去世，故此他的丹麦王位由表弟克里斯蒂安八世继承。