出身长州藩武士家庭的次子，幼名冈村直矩，十四岁时，过继给毛利藩武士佐久间竹之允为养子，两月后，竹之允病死，遂继承其家业并姓佐久间。曾跟大村益次郎学习西洋兵法，曾参加戊辰战争。1872年4月8日初任陆军大尉，1874年4月5日任熊本镇台参谋长。以陆军中佐跟随西乡从道远征台湾。1875年4月14日任步兵第6联队长。率部参加西南战争，1881年2月7日晋升陆军少将，任仙台镇台司令官。1885年步兵第10旅团长，1887年5月23日封男爵。1888年5月14日任第二师团首任师团长。甲午中日战争开始的时候在广岛大本营，后来在大山岩元帅的第二军编成内参加攻占威海卫，消灭了北洋舰队。1895年4月5日就任占领地总督，8月20日升子爵。回国后历任近卫师团长，中部都督。1898年9月28日晋升陆军大将。1902年休职，1904年五月，日俄战争时出任东京卫戍总督，因为佐久间曾经参与对远征台湾的牡丹社事件，日本遂决定启用他担任总督。接替即将担任满洲军参谋总长的儿玉源太郎为第5任台湾总督（1906-1915），授予勋一等旭日桐花大绶章，1907年9月21日升伯爵。其在任期间，在后藤新平的帮助下，积极镇压汉人之反抗，自北埔蔡清琳、罗福星、张火炉，以及林老才，至少镇压了十次抗日事件。佐久间左马太对台湾人民的血腥镇压的行为,可以算得上是侵华战犯.　日本领台以后，台湾全岛的汉人抗日活动在一段时间后逐渐趋于平息，日本政府遂将目光转向理番事业，并且决定采用武装镇压的手段来对付原住民。佐久间在任内不断地对原住民用兵，其有名的"五年理蕃计画"，以北讨泰雅族，南抚布农族为原则。扩张隘勇线，且架设高压电铁丝网、埋设触发性地雷及电气地雷以围堵蕃界。更亲自督军讨伐大嵙崁、北势番、马利可宛、奇那济、太鲁阁诸蕃，其中最有名就是"太鲁阁"之役（大正3年，1914年），总部就设于石门山山下。他把全岛共分十二区作战，动员军警一万余人，以血腥手段强力镇压原住民之反抗。在行政方面，他于1909年将全岛二十厅政区并合为十二厅，并以其面积及财经地位之轻重分为三等级，其中台北、台中、台南为一等厅，新竹、嘉义、阿猴（屏东）为二等厅，其余宜兰、桃园、南投、台东、花莲港、澎湖均为三等厅。而为搜括台湾资源，积极进行产业开发，大肆扩建基隆港与高雄港，辟建阿里山森林铁道以利林木之采伐和运输。此外，他更积极移置宗主国的日本农民来台，以期增加日人之比率以有效控制本岛，乃在花莲港厅和台东厅两地汉人较少的地方开辟吉野、丰田、林田、旭、鹿野、鹿寮、敷岛等许多「日本村」，移入数千位日本农民。当理番事业告一段落之后，随即卸下总督职务。是台湾总督中在任最久的一个。卸任后返日未久，就在1915年8月5日去世。年七十二。