1962年7月9日，出生于江西南昌。

1982年，毕业于江西农业大学牧医系。

1992年，获中国农业大学与都柏林大学联合培养博士学位。

2007年，李宁当选为中国工程院院士。

他是中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任，被誉为“中国动物转基因克隆研究领军人物”，曾成功建立了中国动物克隆和生物反应器研制体系，主持有国家科学技术部“973”计划重大研究项目、“863”计划生物领域重大研究项目专题、国家自然科学基金项目等18项，领导的科研团队多年来在大动物克隆、干细胞和基因技术等多方面取得重要成绩。

“国家杰出青年基金”获得者、自然科学基金委“创新研究群体”学术带头人、科技部“973”项目首席科学家和科技部“863”计划重大专项总体专家组组长、农业生物技术国家重点实验室主任、欧盟第5框架计划PigBioDiv2计划的负责人；获得国家级二等奖3项、省部级一等奖3项和省部级二等奖2项，国务院政府特殊津贴，863计划先进个人，WCGALP青年科学家奖，首都农业科技先进工作者，中国遗传学会“李汝祺”优秀论文奖；发表学术论文217篇，其中SCI论文82篇，包括在《Genomics》、《Biology of Reproduction》等国际著名科学期刊上的论文；主编面向21世纪课程教材《动物遗传学》和英文专著《Genomics and Biotechnology in Livestock Breeding》；获得发明专利3项，19项专利处于公示期。

北京济普霖生物技术有限公司系李宁、黄中石（外籍）与北京中农大地科技发展有限公司（中国农业大学出资成立）2005年成立，注册资本3333.33 万元（其中非货币出资1833.33万元,为非专利技术），其中李宁为最大股东，占股52%，任副董事长。李宁和黄中石同为股东的另一家公司北京济福霖生物技术有限公司则设立于2009年底，注册资本1333.34 万元（其中非货币出资800万元），李宁个人认缴1200万元，任经理。

此外，李宁还是北京三元济普霖生物技术有限公司董事长，该公司由北京三元种业科技股份有限公司和北京济普霖生物技术有限公司共同出资1000万元成立于2009年初，后者占股51%。

曾与之接触的人表示，李宁为人谦和、善于与媒体沟通。

2014年7月初，中国工程院院士、中国农业大学生物学院教授李宁被相关部门带走调查。

2014年10月10日，李宁因涉嫌虚假套取科技专项资金被批捕。

2014年10月31日，最高人民检察院新闻发布会中通报，初步查明李宁利用职务便利，以虚假发票和事项套取科研经费转入李宁本人控制公司方式，涉嫌贪污公款2000余万元。

2015年1月16日，中国工程院官网公布了2014年12月9日主席团会议审议通过的《中国工程院院士科学道德守则》和《中国工程院院士违背科学道德行为处理办法》。

《中国工程院院士违背科学道德行为处理办法》首次对工程院院士劝退或撤销的程序作出规定，并明确，院士如果涉及触犯法律，自被批捕之日起即停止其院士资格，自法院作出有罪判决生效之日起撤销其院士称号。按照这一规定，涉嫌贪污2000万元、于2014年6月被批捕的中国农业大学的李宁已被停止院士资格。

2019年12月30日，吉林省松原市中级人民法院公开开庭审理中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及张磊贪污一案。

公诉机关指控：被告人李宁系中国农业大学教授，担任中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任、中国农业大学生物学院李宁课题组负责人，还担任多项国家科技重大专项课题负责人。被告人张磊系中国农业大学农业生物技术国家重点实验室特聘副研究员、科技部多项课题负责人。被告人李宁同张磊利用其管理课题经费的职务便利，自2008年7月至2012年2月期间，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3756万余元。上述款项被李宁、张磊转入李宁实际控制的公司占为己有，并投资其他多家公司。

庭审中，公诉机关出示了同案被告人张磊的供述、证人证言以及用于套取科研经费的虚假合同、发票等书证，还出示了司法会计鉴定书等。李宁、张磊及辩护人进行了质证。控辩双方在法庭主持下充分发表了意见。李宁对指控的犯罪事实进行辩解，张磊当庭表示认罪悔罪。李宁、张磊还进行了最后陈述。

被告人李宁、张磊的近亲属、人大代表、政协委员、专家学者、媒体记者及普通群众40余人旁听了庭审。庭审全程通过松原市中级人民法院官方新浪微博进行了直播。

庭审结束后，法庭宣布休庭，择期宣判。

2020年1月3日，吉林省松原市中级人民法院公开宣判中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及同案被告人张磊贪污一案，对被告人李宁以贪污罪判处有期徒刑十二年，并处罚金人民币三百万元，对被告人张磊以贪污罪判处有期徒刑五年八个月，并处罚金人民币二十万元；对贪污所得财物予以追缴，上缴国库。

2020年12月8日，吉林省高级人民法院对中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及同案张磊贪污上诉一案进行二审公开开庭审理并当庭宣判。二审维持松原市中级人民法院(2015)松刑初字第15号刑事判决第一项中对被告人李宁犯贪污罪的定罪部分和第二、第三判项，撤销该判决中对李宁的量刑部分，对上诉人李宁以贪污罪改判有期徒刑十年，并处罚金人民币二百五十万元。