2010年1月12日，阿里穆罕默迪离开他位于德黑兰北部的住宅，前往大学授课。但附近停放的一辆 摩托车突然发生爆炸，阿里穆罕默迪当场身亡。

“爆炸发生在阿里穆罕默迪家附近，” 伊朗新闻电视台报道，“这是一起遥控炸弹袭击。”伊朗新闻电视台电视画面显示，这起爆炸震碎了附近房屋的玻璃，人行横道上留有血迹。

当地警察和安全部门官员已经封锁现场开始调查。眼下尚不清楚是否还有其他死伤者。伊朗半官方的 法尔斯新闻社援引当地检察官阿巴斯·贾法里·多拉塔巴迪的话报道：“眼下警方尚未逮捕任何人。”

　伊朗政府随后谴责这起爆炸事件，将其定性为“反革命恐怖暗杀”。

伊朗伊斯兰共和国广播局在其网站上说，“全球傲慢”可能是这起炸弹袭击的始作俑者。伊朗当局常以“全球傲慢”代指 美国等 西方国家。伊朗国家电视台则直接报道说，炸弹由美国和 以色列特工安置。

伊朗外交部发表声明，指责美国和以色列特工参与暗杀阿里穆罕默迪。伊朗内阁则发表声明，矛头直指美国情报人员。“美国间谍一方面在第三方国家绑架伊朗公民并将他们转至美国，另一方面在伊朗国内杀害伊朗公民。”

伊朗政府先前指责美国参与绑架伊朗核物理学家 沙赫拉姆·阿米里。阿米里是伊朗原子能组织成员，同时任德黑兰一所大学的研究员，2009年6月赴 沙特阿拉伯朝觐时失踪。

伊朗国家电视台2007年报道，核物理学家阿尔德希尔·侯赛因普尔死于毒气。外界猜测以色列情报和特勤局，即 摩萨德制造了这起血案。

伊朗政府说，情报和安全机构将“尽全力追捕凶手、挖出他们的外国支持者”。不过，现阶段政府尚未逮捕任何人。

美国白宫发言人比尔·伯顿说，伊朗媒体关于美国与一名伊朗核物理学家遇害有关的报道“荒谬”。根据 白宫公布的消息，伯顿当天在陪同总统 奥巴马前往 特拉华州参加副总统 拜登之母葬礼途中作出这番表示，但他拒绝就此发表更多评论。他说不愿在具体事实尚不清楚时作判断。美国国务院发言人马克·托纳说：“任何认为美国参与（暗杀）的指控均荒谬可笑。”以色列外交部尚未作出回应。

德黑兰大学科学学院院长接受法新社记者采访时说：“穆罕默迪是大学的全职教授，没有任何政治职务。” 伊朗数家媒体当天高度评价穆罕默迪，称他是“ 伊斯兰革命的坚定拥护者”。

伊朗与包括美国在内的西方国家就其核计划一直存在争端，伊朗方面坚称核计划旨在和平用途，而美国等国家怀疑伊朗试图研制 核武器。

眼下，伊朗仍未就 浓缩铀获取方案与 国际原子能机构达成一致。穆罕默迪核物理教授的特殊身份使这起炸弹袭击事件更加敏感。

阿里穆罕默迪的核物理学背景容易令人将他与伊朗核计划联系在一起。但伊朗 原子能组织否认他参与核计划。伊朗原子能组织发言人阿里·什扎迪安告诉美联社记者：“他没有参与国家的核计划。”

美国 纽约市立大学知名高能物理学教授 加来道雄告诉 美联社记者，从未听说过阿里穆罕默迪及其著作。从他发表的一系列论文可以看出，他的研究领域明显无关核武器制造。“对 原子弹感兴趣的 核物理学家不会对这些论文感兴趣，”加来说，“这些论文非常抽象，没有一个术语关乎危险。”

美国情报分析机构战略预测公司分析，从阿里穆罕默迪公开发表的学术作品以及作品数量来看，他“即使与核计划有关，也不大可能是重要人物”。更何况，“参与核武器研究的关键科学家通常与世隔绝，受到比阿里穆罕默迪更森严的安全保护”。

不过， 路透社援引西方消息人士的话报道，阿里穆罕默迪曾与穆赫辛·法克里扎德·马哈巴迪、费雷敦·阿巴西·达瓦尼密切合作。那两人因被怀疑从事核武器研究而受到 联合国安全理事会制裁。

伊朗伊斯兰共和国通讯社援引伊朗“动员穷人组织”的声明报道，阿里穆罕默迪被列入一个与伊朗核计划相关的国际黑名单。“动员穷人组织”与 伊朗伊斯兰革命卫队在平息反对派示威活动中发挥重要作用。

德黑兰大学科学院院长阿里·马恰里告诉伊朗迈赫尔通讯社记者：“这名杰出的教授不是政治人物，没有参与任何政治活动。”

美联社报道，虽然阿里—穆罕默迪的名字在2009年伊朗总统选举前出现在学校支持反对派的教授名单中，但他似乎并未参加反对派在选举后发起的抗议活动。

伊朗伊斯兰共和国广播局则称阿里穆罕默迪为“尽责且革命”的教授，暗示他支持 内贾德政府。

按“动员穷人组织”的说法，阿里—穆罕默迪曾在伊朗伊玛目侯赛因大学和马勒克—阿什塔尔大学执教，这两所大学均与伊斯兰革命卫队有联系。

美联社报道，除怀疑外国间谍外，伊朗政府还怀疑流亡在外的反对派组织伊朗人民圣战者组织，但遭对方否认。伊朗保守派网站Tabnak说，这个组织受命于以色列情报机构。