他的曾祖父薛梅苑，是清初名医，乾隆年间，在他80多岁时驰赴易州，治愈了乾隆帝十“额附”的病。父亲薛银槎也是国手。出生在这样一个歧黄世家的薛宝田，自然“能世其家，于歧黄诸书，无不得其奥秘”。道光年间，他以明经身份“任上元县教谕”，46岁时改任鹾尹（盐场小吏），分发浙江候补。在浙江期间，由于上层人物知道他精于医术，都请他治病，由此医名大著。后来便派他主持“官医局”。在官医局，他不仅是“奉委主其事”的官，而且更是一名出色的医生。他“切脉既真，临诊亦夥”，既精于医理，又有丰富的临订经验，因而经他诊治的病人“奏效速于置邮”；求他医治的人“踵相接”。由此名满杭州，“大府寅寮咸器重之”。

1880年，慈禧太后生一场大病，“太医罔效”，于是向各省频发征召名医的上谕。浙江巡抚谭锺龄向朝廷保荐了薛宝田。7月底，他抵达北京，经过内务府大臣会同太医院堂官察看面试，认为他“医学脉理，均极精通”，至8月初，替慈禧切脉治病。他所立药方，先由内务府、太医院审阅，再用黄笺折子誊清，送慈禧过目。同时，内务府将处方内所开药物，从《本草》中找出，一一报送，慈禧认可后，始行配齐煎制。第二天，慈禧发下懿旨，称赞“浙江巡抚谭所荐医生看脉立方均尚妥”。他在清宫“当值”44天，给慈禧切脉15次，立药方20多贴。慈禧的病渐渐痊愈了。清宫《御医载录》记载了他受到的“礼遇之荣、宴赐之宠”，“系天下名医少有之也”。但是薛宝田并没有为荣誉所陶醉。他认为“医生切忌虚荣之心，浮夸之弊”，所以当返渐途经天津时，他以年老多病婉辞了直隶总督李鸿章对他的邀请。他的才艺是多方面的。在学者俞樾认为他“论医、论诗、论经史疑义，悉中肯綮”。

俞樾为《北行日记》题序：光绪六年，慈禧皇太后以宵旰勤劳，有饶癯舜霉之疾，诏征天下通知医术者，咸诣阙下。而浙江巡抚谭公，以君与淳安教谕仲君应诏书。君乃偕仲君于七月己卯首涂，逮十月丙辰还浙江，首尾九十有八日。其中间于八月壬寅，恭诣长春宫起居。逮九月甲申，奉懿旨赐归，首尾四十有三日。此四十三日中，办色而入，日旰而归，在他人处，此真所谓自朝至于日中昃，不遑暇食者矣。岂广厦细旃之上，可以从容偃息，仰屋梁而著书哉？乃读君《北行日记》一卷，又何其斐然而成章也！夫文章家排日纪行，始于东汉马第伯《封禅仪记》，而所记止登岱一事。其后唐李习之《南征记》，宋欧阳永叔《于役志》，所历较远，所记较详，然不过山程水驿间，聊志游迹而已。君之此记，则宫廷之壮丽，恩礼之优渥，与所交京师士大夫人物之瑰奇，无不备哉。而又论医、论诗、论经史疑义，悉中肯綮。至其附载诸诗，或纪游，或咏古，有他人支颐摇膝竟日不能得者，君以供奉之暇，矢口而成之。君之才，自不可及；而君之精医，亦可见矣。不然，方惴惴焉，切脉处方惧不得当，而能以余事作诗人哉？巡抚谭公以君应诏，诚知人，而君异日必以名医入国史方伎传。此一篇，亦必为艺文志所著录无疑矣。

他的主要著作有《症治管窥》、《北行日记》、《医学心悟》和《莲因集》等。