八、九岁时父母相继去世，随伯父、哥哥生活，幼读私塾。

1919年春考入枣阳县乙种蚕业学校专修半年，结业后在当地教私塾。因对当时军阀混战、土匪蜂起、民不聊生的社会现实不满，积极投身于反帝反封建活动。

1926年，余益庵在熊集组织农民协会，组建农民自卫军，打击土豪劣绅。

1927年加入中国共产党。

1927年11月参加黄龙当暴动取得成功。

1928年5月，他在枣西的蔡阳铺、琚湾一带开辟游击根据地，建立农民自卫队达500余人。同年8月， 中共襄枣宜临时县委成立，余参加县委为委员，并兼任枣西区委书记，11月参加鄂北临时特委为委员。

1929年在枣阳发展中共党组织，建立武装，为组建红26师奠定了基础。

1930年2月， 中共枣阳临时县委重建，余任县委委员，负责武装工作。5月14日，余益庵等成功地领导了著名的“蔡阳铺暴动”。随后乘胜前进， 当日又攻下琚湾、翟家古城，取得了“日破三关，我无伤亡”的辉煌胜利。15日，农民自卫队在琚湾高桥铺整编，建立“红九军第五总队”，余任党代表。6月25日，总队于黄龙当陶山庙整编为“中国工农红军第九军第二十六师”，余任党代表。至同年8月，这支部队经过40多次战斗，歼敌1800多人，缴获长短枪300多支，全师发展到1300多人，开辟了东到枣阳兴隆，南至随县双河、宜城板凳岗，西至襄东的张集东津湾，面积约2700平方公里，人口40万的襄枣宜苏区。

1930年，与襄阳黄龙人谢耀武、赵英领导组建中国工农红军第9军第26师，余益庵任党代表，谢耀武任师长，赵英任政治部主任。

1931年4月，红26师重新整编，任师长，随后当选为鄂北临时分特委委员。9月17日，余益庵率红二十六师在宜城流水沟附近的汤泉与贺龙军长率领的红三军七、八师 会师，受到贺龙的赞扬。同年被选为鄂豫边革命军事委员会委员。

1932年成立红九军总指挥部，余任总指挥长，并参加鄂 豫边省革命委员会主席团为委员。当敌人“围剿”襄枣宜苏区时，湘鄂西中央分局派来指导工作的尉士筠坚持“左”倾机会主义路线，余益庵被诬之为“逃跑主义”，并被撤职。到同年6月，苏区受到重创，各地党组织先后遭到破坏。余与组织失去联系。

1938年到襄东特委任组织委员。次年，襄东特委改为襄枣宜县委，任县委书记。

1938年9月，余益庵经多方打听找到省委组织部长钱瑛，经钱审查批准恢复了党籍，被分配到襄东特委任组织委员。

1939年3月，襄东特委改为襄枣宜县委，余任县委书记，7月改任随枣地委组织部长。

1940年，任随枣地委书记。同年1月，任地委军事部长，主持地委工作，7月任地委书记，领导襄枣宜、枣北、枣南、随县四个县委及环潭工委工作。

1941年9月，随枣地委改为鄂北特委，并成立鄂北游击指挥部，余任书记兼指挥长。

1942年9月，特委撤消，余调任新四军第五师政治部民运部长。

1943年2月又调鄂豫边行政公署任人事处长兼工农处长。

1945年11月，鄂北专署成立，余任专员。

1946年6月新四军五师突围时，余随军转战南北， 曾先后任信阳。陕南行署专员。

1947年，随刘邓大军南下。

1948年余随解放大军南下回乡，发动人民开展对敌斗争，并说服动员国民党枣阳游击大队长王明谟，率500多人20挺机枪，向人民政府投诚。

1949年5月，任襄阳专署副专员、专员。

1953年，调任湖北省民政厅厅长。

1958年后，历任中国盲聋哑协会主任、湖北省政协副主席等职。曾当选第二、第三届全国人大代表。

建国后，余益庵历任襄阳专署专员、湖北省民政厅厅长、中国盲聋哑人协会主任、政协湖北省副主席。曾当选为第二届、第三届全国人大代表。

1979年8月10日在武昌病逝，他为党和人民事业贡献了毕生的精力。

2012年7月4日上午，余益庵故居修复启动仪式和余畈村烈士陵园修缮工程在枣阳市吴店镇隆重举行。余益庵的亲属、湖北省地税局副局长余伟、襄阳市政协老领导胡久明、襄阳市组织部副部长潘世国和枣阳市委书记陈东灵等四大家领导出席了启动仪式。

余伟对家乡人民时刻缅怀革命烈士丰功伟绩，大力开展爱国主义革命教育表示衷心感谢，同时也表示将为家乡经济社会发展作出更新更大的努力。胡久明代表襄阳市老区建设促进会对我市弘扬传统、纪念先烈、教育群众、引领后人给予了高度评价。

余益庵故居修复和枣阳市吴店镇余畈烈士陵园修缮工程计划投入80多万元，在2012年年底完工。届时，革命烈士陵园将成为枣阳乃至鄂西北地区的又一处重要的革命传统教育基地。