曾任太医院正文，认为《黄帝内经》应分为《素问》9卷，《灵枢经》9卷，同时他认为《灵枢经》前无注释，文字玄奥，阅读起来较困难，所以他在太医院职期间，对《素问》和《灵枢经》重新分卷并加以注释。由于他擅长针灸，因而对《灵枢经》的注释远较《素问》注释较高，成为历史上第一部《灵枢》的全注本。

       汪昂在其《内经约注》里曾评价说：“《灵枢》从前无注，其文字古奥，名数繁多，观者皱眉，作为医者又弃之不读，至明始有马玄台之注，其疏经络穴道，颇为鲜明。”

　   著有《黄帝内经素问注证发微》、《黄帝内经灵枢注证发微》二书。前书刊于神宗万历十四年（１５８６），收《素问》８１篇，合为９卷，于原文词义、医理逐篇逐段加以注解，在阐发经文精微、补苴唐人王冰注释罅漏诸方面，贡献颇大，是继王冰以后第二注家，为《素问》主要注本之一。后者９卷，补遗１卷，为《灵枢》第一个注本，颇有独到见解。清雍正《浙江通志》称之为“医学津梁”。　 

       黄帝内经灵枢注证发微是《灵枢》的注本，《灵枢》与《素问》二者共成一部《黄帝内经》。《灵枢》最早的注本，宋元之前不可考，直到明代末年，才出现了真正意义上的第一个注本，即马莳的《黄帝内经灵枢注证发微》，从而开《灵枢》注本之先河。

《黄帝内经素问注证发微》讲述了《黄帝内经》原文是深奥的，成书于秦汉时期的《黄帝内经》，是中国传统医学的渊源，几千年来它在防病治病、保健养生方面，为中华民族的繁衍昌盛，做出了卓越的贡献。换言之，揭示《黄帝内经》深奥的内部机理，将其中言而未发，发而未尽之义和盘托出，古人比今人讲的更多，说的更难，今人之著作于此则多有所失，古代诸家之注释，正可以弥补这一不足，从而指导我们对其进行认真的、细致的、深入的、系统的、全面的研究。

        马莳注释《内经》，不是因循守旧，沿袭前说，而是从临床实际出发，结合原文本意进行阐释。马莳善于针灸经脉，富于针灸理论和临床经验，因而他在针灸经络方面的注释水平较高。马莳能充分利用他素娴针灸经脉理论和实践之长，对四时取穴的机理能予以较为深刻的注释。总之，马莳以针灸见长，所以对经脉、腧穴和针灸方面的内容之注明显的深刻，因而从总体来看，《灵枢经》之注优于《素问》之注。大胆质疑辨惑。