在执教生涯早期，伊万科维奇先后担任克罗地亚联赛球队瓦特克斯、塞格斯塔和里耶卡的主教练。1997年，他成为克罗地亚国家队的助理教练，并协助主教练布拉泽维奇率领克罗地亚队获得1998年世界杯足球赛第三名的成绩。

　　1999-2000赛季，他前往德国，执教德乙球队汉诺威96，随后又短暂担任克罗地亚国家队的助理教练。2001年，他接受时任伊朗国家队主教练布拉泽维奇的邀请，担任伊朗国家队助理教练。在2002年世界杯外围赛附加赛中，伊朗不敌爱尔兰队被淘汰出局，布拉泽维奇宣布辞职，伊万科维奇替代了他的职位。

　　2004年伊万科维奇带领伊朗队获得西亚杯冠军和亚洲杯第三名。伊朗队在世界杯2006年外围赛的征程十分顺利，2005年6月8日，伊朗队主场1比0战胜巴林，提前一轮晋级世界杯决赛圈。但在2006年世界杯足球赛中，伊朗队小组赛未能出线。世界杯结束后，伊万科维奇辞去伊朗队主教练职务。

2006年11月6日，伊万科维奇正式担任克罗地亚劲旅萨格勒布迪纳摩。萨格勒布迪纳摩在他接手后的所有比赛未输一场，并在2006-07赛季成为联赛杯赛双冠王。2008年1月14日，他宣布辞职，由索尔多接任。但索尔多率领球队获得双冠王后立即辞职，5月21日，伊万科维奇重新回到俱乐部执教。 2008年11月24日，伊万科维奇再次辞职。

　　2009年12月16日正式与山东鲁能队签约，并在2010年中超联赛中带领山东鲁能泰山队以18胜9平3负积63分（领先亚军天津泰达队13分）的优异战绩夺冠，且创下该赛季胜场最多、进球最多、净胜球最多以及主场不败的纪录。赛季结束后，伊万科维奇荣膺“2010中超最佳教练”。

2020年1月，阿曼足协宣布，前山东鲁能主教练伊万科维奇执教阿曼国家队。