寻自慈化进剿黄塘、楚山、上栗市，屡败贼。总督董卫国请设袁临镇，即以应奎为总兵官。三桂遣贼犯袁州，应奎力守。未几，其将朱君聘等以数万人自萍乡来犯，应奎败之西村，斩万五千馀级。分兵趋万载，斩其将邱以祥等，复其城。三桂使诱降，应奎令子衍庆呈部，部议加应奎左都督，衍庆署都司佥书。寻降敕嘉其忠荩，予世职拜他喇布勒哈番。十四年，遣游击杨正元剿棚贼於分宜、新喻，擒斩甚众，尽毁其巢。三桂将揭玉卿犯万载，遣游击陈素纶等败之，斩级千馀；又败之於白良。三桂将黄立卿复以三桂书诱降，应奎令子衍祥呈部，部议加应奎军功一等，衍祥授鸿胪寺少卿。

十五年，遣游击李显宗等逐三桂兵至仙居桥、沙溪、湖塘，皆败之。三桂兵复结浏阳诸寇陷万载，应奎进剿，贼截龙河渡口，夹岸迎拒。应奎督兵渡河，先斩守口贼，直入其垒，贼大溃，追斩无算，复万载，诏嘉奖。寻授三等阿达哈哈番。十七年，上以江西已定，命应奎统本标官兵移镇茶陵、攸县。疏言：“自三桂反，袁州密迩湖南，臣率孤军征剿，上游幸获安全。但彼时兵力苦单，漕运亦匮，臣捐赀赡养亲兵，或自备马匹，或奖以虚衔。嗣户部侍郎温岱奏见臣督亲丁防御，蒙恩给臣所养健丁千人步战兵饷，令臣量为设官管辖。惟兵丁既叨饷饩，而所设管辖官未议实授。今臣移驻茶、攸，仅率标兵二千六百，现奉征南将军穆占、定南将军华善调往酃县千四百人。健丁一营，随臣左右。仰冀天恩，各予实衔，开支实俸。”诏从之。未几，贼犯永兴，败之。十八年，从大将军简亲王喇布复祁阳、新宁。大将军安亲王岳乐檄剿贼武冈州枫木岭，败三桂将胡国柱等。寻偕贵州提督赵赖攻克龙头山、泡洞口、瓦屋塘、云雾岭、五子坡诸寨。三桂将马宝败遁，追击之，复会同、黔阳等县。未几，建义将军马承荫以柳州叛，从简亲王率兵讨之，承荫降。

二十一年，命以提督充广西左江镇总兵。叙功，进二等阿达哈哈番。疏言：“臣昔任思南副将，深知左江为滇、黔门户，接壤交南，环以僮、瑶，土司不时反覆。镇标额设四营，共兵三千有馀，多从逆归命者，习成骄悍。臣标健丁一营，半系亲属，久经训练，请率赴新任，以资钤压。”从之。未几，以病累疏乞休，诏辄慰留，命衍祥驰驿归省。应奎卒，赠太子少保，谥襄壮。