2007年1月29日，吉尔吉斯斯坦总统巴基耶夫签署总统令，正式任命现任农业、水产和加工工业部代部长阿齐姆伊萨别科夫为政府总理。据吉卡巴尔通讯社报道，议会当天早些时候以57票同意、4票反对的投票表决结果通过了巴基耶夫有关由伊萨别科夫出任总理的提名。巴基耶夫还解除了费利克斯库洛夫的代总理职务。3月29日，伊萨别科夫正式递交辞呈，总统巴基耶夫已批准总理伊萨别科夫的辞呈，并任命阿坦巴耶夫为代总理。伊萨别科夫已婚，有四个孩子。

　　2005年春，吉尔吉斯斯坦爆发“颜色 革命”时，伊萨别科夫帮助调解楚河州反对派的行动，与强力人物进行了“中立和谈”。此举让巴基耶夫任命他为总理办事机构主任。2005年3月，巴基耶夫任代总统和政府总理时，伊萨别科夫担任总统顾问，实际上已成为巴基耶夫的“左膀右臂”和“心腹”，扮演着“灰色协调之父”的角色。2005年11月至2006年5月任总统办公厅第一副主任兼总统办公厅国家管理局组织工作和政治处处长。2006年5月至2007年1月，任农业、水产和加工工业部代部长。