在获得博士学位后，艾利斯受聘于卡伦·霍妮学院，与C.R.赫尔伯格合作。在1949-1953年间，通过实施精神分析，他对精神分析的有效性开始产生怀疑，并由此成为反对精神分析的主要人物之一。在1953-1955年间，他曾尝试过各种其他方法，用以取代精神分析，终于，在1955年他提出了自己的理论体系，那就是在咨询和治疗领域影响极大的合理情绪疗法，简称REBT。有人称艾利斯是自S.弗洛伊德以来唯一创建具有了自己理论体系的心理治疗学派的心理学家，还有人称艾利斯为“认知-行为”治疗之父。但也有人不以为然，诊断艾利斯无非是取人之长、略加综合而已。尽管褒贬不一，但他所倡导的合理情绪疗法却是得到一致推崇的。

艾利斯把其信奉的哲学观点与讲究实效的行为主义结合起来创建了合理情绪疗法（情绪ABC理论）。虽然这种疗法起初遭到几乎所有治疗家的激烈反对，但艾利斯通过不懈的努力，坚定地捍卫了合理情绪疗法，并使该疗法在实践中获得巨大成功，最后使其反对者不得不信服和接受。事情发生的一切根源缘于我们的信念、评价与解释。

情绪ABC理论的创始者艾利斯认为：正是由于我们常有的一些不合理的信念才使我们产生情绪困扰。如果这些不合理的信念久而久之，还会引起情绪障碍呢。情绪 ABC理论中：A表示诱发性事件，B表示个体针对此诱发性事件产生的一些信念，即对这件事的一些看法、解释。C表示自己产生的情绪和行为的结果。 通常人们会认为诱发事件A直接导致了人的情绪和行为结果C，发生了什么事就引起了什么情绪体验。然而，你有没有发现同样一件事，对不同的人，会引起不同的情绪体验。同样是报考英语六级，结果两个人都没过。一个人无所谓，而另一个人却伤心欲绝。 为什么？就是诱发事件A与情绪、行为结果C之间还有个对诱发事件A的看法、解释的B在作怪。一个人可能认为：这次考试只是试一试，考不过也没关系，下次可以再来。另一个人可能说：我精心准备了那么长时间，竟然没过，是不是我太笨了，我还有什么用啊，人家会怎么评价我。于是不同的B带来的C大相径庭。

艾利斯信奉的哲学观点是现象主义哲学、实用主义哲学和人本主义哲学，他把这些哲学观点与行为主义相结合，提出了合理情绪疗法的依据。该依据认为人们是由于那些不合理的思想才导致心理障碍的。因此，如果使患者认识到这些不合理思想，并使其转达化为合理的思想，就能取得有效的治疗结果。

艾利斯曾出版过许多富于创造力的、很受欢迎的论著，尤其是在本世纪60年代，他有好几本著作例如《性无罪》等的销售量高达几百万册，从而使他的合理情绪疗法得以普及。