1973年高中毕业，1974—1978年在定西农村插队。

1978年考入甘肃农业大学农机系，1982年元月毕业后留校任教。历任甘肃农业大学机电工程系农机教研室主任、机电工程系副系主任、系主任，甘肃农业大学党委委员，计划财务处处长，甘肃农业大学副校长。

2013年6月，甘肃农业大学党委副书记、校长。

2017年4月，甘肃省政府决定，免去吴建民甘肃农业大学校长职务，退休。

吴建民同志作了表态发言。他表示，担任甘肃农业大学校长、党委副书记，深感责任重大，自己将尽职尽责，把全部精力投入到学校的管理工作中来，一心一意谋发展，聚精会神搞建设，不辜负组织和同志们的重托与厚望，努力将农大建设得更加美好。一是自觉遵从学校党委的领导。模范执行党委决议，严格按照党政议事规则办事，做到科学决策、民主决策、依法决策，建设法治学校;二是搞好班子团结，发挥班子成员的集体智慧做好学校工作;三是解放思想、实事求是、与时俱进。从国情、省情、校情出发做决策，不守旧、敢创新、勇担当;四是在甘肃经济社会发展中彰显学校优势，用贡献求得社会认同，用贡献求得省委、省政府对学校的支持;五是竭力处理好改革、发展、稳定的关系，保持学校又好又快发展;六是实干兴邦、空谈误国。崇尚实在做人，勤恳干事，用实干改变面貌，用绩效评估发展;七是广泛听取全体师生的意见建议，发挥师生员工的主体作用;八是严格遵守《廉政准则》，时刻以党员领导干部的标准对照检查自己的一言一行，勤政为民、廉洁奉公，起好模范带头作用。

吴建民是甘肃省“555”人才工程人选。2000年荣获“甘肃省高等学校青年教师成才奖”。2005年进入甘肃省省管后备干部人才库近期人选(本单位排名第二)，同年12月抽调为全省第三批保持共产党员先进性教育活动驻村指导员，由于工作出色，被评为全省先进个人。

吴建民同志是甘肃农业大学自己培养出来的一位校长。吴建民同志党性观念强、政治素质好、事业心和责任心强，处事成稳，敢于坚持原则、推行的工作力度比较大;思路清晰、方法灵活，擅于研究和分析问题，有驾驭全局的能力;为人谦和、团结同志、公道正派。省委认为，吴建民同志是担任甘肃农业大学校长的合适人选，希望吴建民同志能够尽快进入角色，在学校党委的领导下，团结学校领导班子成员，大胆工作、勇于创新，继续抓好各项行政工作。