吴根耀1968年12月毕业于北京大学地质系，之后在湖北从事煤田地质和采矿工作。1978年考取著名大地构造学家张文佑先生的研究生，于1981年10月和1985年12月先后获得理学硕士和理学博士学位。1996年聘为研究员，1997年批准为博士生导师。1980-1999年间在川滇藏桂地区从事盆地、造山带和矿产的研究工作，期间还在江西、福建等地做过调查，1994年获中国科学院自然科学一等奖。2000年起主要在塔里木、东北和华东等地进行“盆”“山”耦合的研究。2009年5月退休，退休时单位：中国科学院地质与地球物理研究所。

大地构造学家，研究领域涉及早前寒武纪地质演化、大陆裂谷和造山带。90年代在华南研究特提斯造山带，探讨造山作用与盆地演化间的统一运动学过程和动力学机制，逐步形成在造山带地区以活动论为指导开展地层工作的理论和方法：造山带地层学；从动态的过程分析的角度研究盆地的发育，从“盆”、“山”耦合和脱耦的角度分析油气的聚集和保存；从罗迪尼亚超大陆的聚合一裂解和冈瓦纳大陆的离散一再拼合的视角重新认识中国及邻区大陆的大地构造特征。

已出版《Structural Geolosy of the Cent tralSector of the Hengduan Mountains》和《造山带地层学》。发表学术论文110篇，科普文章近20篇。代表性论著有《tefhyan evoln tion in South China and its enliven》envinonv曾协助张文佑教授完成传世遗著《断块构造导论》，参加《滇川西部古特提斯造山带》等6部专著的撰写，合编有《张文佑文集》。