抗日战争爆发后，邓宝珊部组成抗日先遣队，孙寿名被任命为先遣队营长，参加了山西中条山战斗。1940年调西安游击干部训练班受训期间，结识了爱国人士杜斌丞先生，并接受了许多民族抗日的思想，对其影响很大。受训结束后，被任命为甘肃省庆阳保安副司令、保安第二团团长，曾遭人诬陷而入狱。不久获释。他曾怀着争取民主，积极抗日的抱负，奔波于西安、兰州之间，联络进步青年，成立了“西北青年抗日民主促进会”。他曾策划过著名的“甘南武装暴动”，未能成功，但却为日后的甘南农民暴动奠定了基础。1944年秋，杜斌丞等人筹划成立“中国民主同盟西北总支部”。杜专程来固原鼓励他积极联络进步青年，组织革命力量，反对内战。孙寿名再次投入新的战斗。经友人联名举荐，出任胡宗南38集团军总司令部上校副官、处长，借机以合法的身份和有利条件发展中国民主同盟会员、掩护地下党、搞枪枝弹药。

日本投降后，蒋介石发动内战，并残酷镇压民主运动，孙寿名被解职。之后奉民盟西北组织的指示，转入甘肃从事革命活动。在甘肃期间，他以笔代枪，写过《人民至上论》、《西北青年饥饿线上的呼声》、《西北新青年》、《纵论西北现阶段》等文章，倡导民主，揭露国民党暴政。全国解放的前夜，孙寿名在兰州被捕并遭杀害，时年32岁。

1949年12月25日，固原县各界为孙寿名举行追悼会。1950年12月10日，中国民主同盟甘肃省支部在兰州举行公祭，对孙寿名的一生作了高度评价。中共甘肃省委统战部的挽词是：“在甘肃人民的解放斗争中，民盟盟员和共产党员的血流在一起。”中共平凉地委的挽词是：“青年先进，志节堪钦”。

1973年，移葬于兰州烈土陵园。