个人履历
长秀之子
幼名锅丸，织田家重臣丹羽长秀的嫡长子，母亲是信长异母兄织田信广的女儿，年长后后继承了父亲的通名五郎左卫门，并迎娶主君织田信长的四女为正室。后于天正11年（1583年）的贱岳之战中与父亲丹羽长秀一同出兵封锁琵琶湖的水运并协助羽柴秀吉击败柴田胜家，更因此功获得包含若狭、越前及加贺半国一百二十三万石的大封赏，长秀遂以北之庄城为居城，长重亦被任为府中城主。天正12年2月，丹羽长重代替重病的父亲对领内的小松山王神社奉纳，其后代理卧病在床的丹羽长秀应羽柴秀吉之令发兵参与小牧、长久手之战。失去领地
天正13年4月16日，丹羽长秀辞世，年仅十五岁的丹羽长重继承了父亲一百二十三万石的遗领，对于将这番庞大的领地交给这样的年轻人，羽柴秀吉并不放心，兼之现在已经不用再顾忌织田家老同僚的观感，不需再对丹羽家飨以庞大封赏以安昔日织田家臣之心，因此已稳固执掌天下的秀吉很快就在同年8月出兵富山城攻打佐佐成政时任命丹羽长重为先锋，然后以长重的家臣违反军律为由，削去丹羽家越前、加贺的领地，丹羽长重被左迁为若狭小滨城主，封地也仅余若狭十二万石。之后在天正十五年出兵九州岛时，丹羽长重再度被丰臣秀吉以丹羽军兵士违反军律的借口褫夺若狭的领地，减封为加贺松任城主，领地大幅缩水至四万三千石，自长秀以来的重要家臣如长束正家、村上义明、沟口秀胜、户田重政等人也相继被丰臣秀吉策诱招募，转仕丰臣家。小松宰相
庆长3年（1598年）4月，丹羽长重在文禄之役侵 略朝鲜时立功，于是统算他自小田原征伐以来的功绩，加封加贺小松八万石，加上松任的旧领，封地共达十二万五千石，官拜从三位参议兼加贺守，随后丹羽长重移居小松城，被世人称为小松宰相或小松参议。
同年8月，丰臣秀吉病逝。丹羽长重亲近德川家康，监视与石田三成亲近的金泽城主前田利长。庆长4年9月，增田长盛与长束正家向德川家康告密表示以前田利长为首，结合了浅野长政、大野治长及土方雄久等人意图暗杀家康，德川家康迅速于10月进行反制让浅野长政被逼在甲斐隐居，大野治长及土方雄久则分别被结城秀康及佐竹义宣拘禁。而对坐拥能登加贺八十万石的前田利长，德川家康则以“前田利长有叛意”为由，任命丹羽长重为先锋，组织前田讨伐军出兵加贺，致使前田利长在惊恐之下以家臣横山长知为使，并托细川忠兴代其向德川家康游说，最后以母亲芳春院为人质前往江户作为条件请降。
翌年，德川家康发兵会津征伐上杉景胜，丹羽长重被置于前田军指挥下进攻津川口，是役之中丹羽长重和前田利长爆发严重口角，丹羽长重对前田利长高傲的态度大为反感，于是以患病为理由领兵回国，前田利长也因为丹羽长重反常的行动起疑，担心长重攻打前田家在加贺的领地，故随后回军归国。
北陆的关原
（一）
回到小松城的丹羽长重也收到了石田三成发表讨伐家康的檄文，这使本与德川家康交好的丹羽长重一时陷入两难之境，同时在加贺南部的诸大名已先后为大谷吉继的劝说下加入西军，于是领军归国的前田利长也在7月26日宣布加入东军打着救援伏见城之名领两万五千大军南下，前田利长南下之际先向松任的丹羽长重送信要求加入东军参战，丹羽长重考虑到昔日两人的恩怨以及目下自家周遭态势而拒绝，转投西军，反而亲领三千士兵据小松城倚天险防守，小松城本就是北陆有名的坚城因此当丹羽长重遭到前田利长大军包围攻击时，虽然手上仅有三千兵马仍稳守不失，最后前田利长判断短时间内在小松城必定难以讨好，于是索性解围，绕路攻打大圣寺城的山口宗永，丹羽长重随即应山口宗永之求出兵救援，侵入前田领内骚扰，但是山口宗永守不到三日，大圣寺城便为前田利长大军攻破，前田利长挟大胜之姿持续向南进攻，对青木一矩的北之庄城发动攻击，然而此时西军在北陆的大将大谷吉继为了遏阻前田军的攻势放出了“上杉景胜制压越后出兵加贺”、“大谷吉继发出援军”等流言，加上大谷吉继修改了前田家臣中川宗半的密信令前田利长以为大谷吉继想从海路攻打金泽，于是退兵。
前田利长考虑到撤退途中丹羽长重追撃的可能性，于是将部队一分为七分散撤退，分别由山崎长德、高山右近、奥山荣明、富田直吉、今枝民部、太田长知率领，最后由长连龙担任殿军隐秘行动。但是前田军撤退的消息仍然为丹羽长重得知，决定在前田军撤退必经的小松城周遭伏击，小松城周围都是泥沼深田，不良于行，可以牵制住前田大军的机动力，反而方便丹羽长重以小部队游战。
（二）
8月9日，前田军通过小松城东方浅井畷的山代桥时丹羽军的江口三郎左卫门正吉对长连龙的殿军发动突击，丹羽长重也随后引援军来战，由于浅井畷的地形限制了大军威力的发挥，使长连龙陷入苦战，最后因为山崎长德的回援使丹羽长重在兵力上陷入劣势而撤退，双方死伤惨重，前田军更有千人以上阵亡，两军未能分出胜负，前田军顺利回到金泽城。前田利长回到居城后方知中计，而家康也以土方雄久出使在9月8日要求利长向美浓进军，但是利长之弟利政为了防备前田家不会因为西军胜出而灭亡，据能登宣布加入西军。虽然前田家中出现内乱，但是丹羽长重也深知以本身十二万石的兵力实在不及前田利长所能发动的大军，尤其大谷吉继已驰援关原，北陆之事全由丹羽长重一家承担，于是丹羽长重遣使者透过德川家的军师本多正信向德川家康表明他对家康并没有敌意，最终达成与前田利长双方交换人质和睦。
后期
战后处置
关原之战后，丹羽长重因从属西军，所领遭到没收，后蛰居于江户芝高轮泉岳寺，直到庆长8年（1603年）才被将军德川秀忠再度起用于常陆古渡获得一万石领地。后于庆长19年的大坂冬之阵中参加鹬野之战，翌年夏之阵中于若江合战中撃破丰臣方木村重成军的左翼木村宗明队立下战功，并于元和5年（1619年）增俸常陆江户崎一万石，同8年又增加至盘城棚仓五万石。
宽永元年（1624年），丹羽长重奉幕府命令，为据守关东的入口构筑棚仓城，长重将棚仓城建在赤馆以南的久慈川河岸台地上，并将原本位于久慈川河岸的都都古和气神社迁移，把棚仓城修建为拥有本丸、二丸的轮郭式大城。宽永3年，丹羽长重随将军德川秀忠上洛，于天皇行幸二条城时担任“御酌”之务。
